一、繼續加快沿海港口建設。加快煤、油、礦、箱四大貨種專業化碼頭建設，進一步加快沿海航道建設，重點建設長江口深水航道治理三期工程，并根據實際情況實施－12.5米水深向上延伸工程；加快主要港口出海航道的建設。
二、大力推進以長江黃金水道為重點的內河水運建設。健全交通部和沿長江七省二市水運發展協調機制，加大《長江干線航道發展規劃》實施力度；啟動京杭運河江南段按三級航道標準建設工程，落實排堵應急預案各項措施；推進長江三角洲、珠江三角洲高等級航道網建設；加快嘉陵江、湘江等重要通航河流航電樞紐建設；積極推進航道管理體制改革，加強航道管理和維護，嚴格審批跨河、攔河、臨河建筑物通航凈空尺度，加強航道養護費征收協調工作。
三、進一步加強支持系統建設。基本完成渤海灣、長江口（含
寧波—
舟山水域）、
臺灣海峽、珠江口、瓊州海峽和長江干線六大水域的支持系統建設；加強水路交通信息系統建設，重點建設交通電子口岸；加強交通科研教育基礎設施建設，提高科研能力，改善科研條件；加強重點學科的建設，促進和支持交通特色高校和其他普通高等教育交通主干專業和主干學科的建設。
