目前，祿口國際機場已開通國內、國際（地區）63個城市的航線135條。 　　其中，國際（地區）客貨運航線23條，覆蓋國內、輻射亞洲、連接歐美的航線網絡已初具規模。尤其是今年上半年，機場繼去年以“一票到底”方式開通洛杉磯、法蘭克福航班之后，又相繼開通了經北京飛往溫哥華、倫敦和莫斯科的3條國際客運航線。
　　在國內航線方面，在繼續鞏固原有航線的基礎上，新引進了祥鵬、春秋、鷹聯、奧凱、西部航空等5家民營和低成本航空公司在南京運營定期航班，新增航線10條，日均航班量達250班之多，與去年同期相比增長了30%。
　　同時，今年7月，機場還與深航簽署了在寧設立基地的合作框架協議。
　　根據協議，年底前深航將在祿口投放2-3架飛機，以后逐年增加飛機數量，最終達到30架飛機的規模，南京基地也將成為深航繼深圳、廣州之后的第三大基地。原定2008年進駐的中郵航提前于7月16日轉場至南京運行，每周飛機起降120余架次，每天貨郵吞吐量約170噸，全年可為機場增加貨郵近6萬噸。