新疆民航工會協作聯合會是在轄區內各民航單位共同呼吁下成立的。近年來，管理局工會履行民航新疆地區產業工會職能，得到了各單位大力支持，成功組織了一系列地區行業職工活動。2007年元旦文藝晚會舉辦成功以后，各單位工會主席提議組建新疆民航工會協作聯合會，構建具有新疆民航特色的行業職工活動組織機制，更好的發揮各單位工會作用。
新疆民航工會協作聯合會由民航新疆管理局工會牽頭，各單位工會自愿參加。協會的職責是圍繞行業中心、服務行業大局，積極協調各成員單位工會，組織、開展行業職工活動，團結、動員廣大職工為新疆民航又好又快發展建功立業。
協會實行民主集中制，協會主席由成員單位工會主席輪流擔任。協會設名譽主席1名，輪值主席1名。每年5月下旬召開年度會議，總結協會年度工作，審議來年協會重大活動的意見和建議。
協會名譽主席由民航新疆管理局領導擔任，負責召集協會年度會議，提出來年行業職工重大活動意見并主持審議。輪值主席由各企、事業單位工會主席輪流擔任，負責召集、主持協會工作會議或者會員單位工會負責人會議，部署、檢查、督促、落實、總結協會年度工作。輪值主席任期1年，在任期內組織2次行業職工活動。
協會成立儀式上，南航股份新疆分公司、新疆機場集團公司、民航新疆空管局、海航新疆公司、中航油新疆公司、新疆通用航空公司、新疆民航物業公司、航食公司等單位工會負責人相繼簽字，成為協會會員。
