盡管港口整合能帶來如此多的利益，但實際操作中，整合方與被整合方并不是一直站在相同的利益起跑線上，這成為港口業整合中面臨的一大難題。 
　　在大連港對錦州港的收購中，收購方大連港即遭遇這樣的困境。
　　在渤海灣北部區域，以沈陽為核心的經濟圈中，擁有大連、錦州及營口三大港口，而渤海南部的青島港及天津港則是區域內的重量級競爭對手，誰能把握住環渤海地區的煤炭、鐵礦石、原油等物資的中轉，誰就將在占領區域資源中占得先機。 
 
        在這一背景下，大連港有意著手整合區域內港口資源。
　　而錦州港2006年由于外貿貨源不足，導致其外貿油品和外貿糧食貨源量嚴重下滑，主營業務收入及利潤同比都有所下降。在發展方向上，錦州港如果能與大連港結盟將對其經營產生促進作用。
　　“從全局來看，環渤海灣港口資源的整合有利于整個區域港口的健康發展�！贝筮B港集團一位高層此前表示，整合區域內港口的觀點早已得到了遼寧省政府的支持，薄熙來在出任遼寧省省長時曾經提出過成立遼寧省港口集團的設想，由此將省內的港口資源整合。但由于各方利益難以協調，這一想法最終未能實施。大連港集團副總經理盧建民在去年也曾表示，有關收購錦州港的想法，大連港在決策層面上完全沒有問題。
　　然而，在大連港著手舉牌錦州港后，錦州港方面卻如臨大敵。收購進程由于錦州港的股權過度分散而擱淺后，錦州港又通過修改公司章程，設置了諸多條款，加大了收購方對公司的控制難度。
　　盡管在收購擱淺后，大連港方面稱因收購條件并不成熟而放棄收購，但業界普遍認為，錦州港股東各方利益的不一致是導致此次收購失敗的根本原因。東方集團作為錦州港的第一大股東，并不愿意輕易讓錦州港的控制權旁落，大連港想通過收購錦州港第二大股東錦州港國有資產經營管理公司所持14.21%股權再加上二級市場舉牌的方式進行收購，難度頗大，終使這次精心策劃的收購計劃最終流產。
　　錦州港沒有接過大連港拋來的橄欖枝，除了令大連港區域整合戰略暫停外，更是加大了大連港整合營口港的難度。而如果大連無法整合這兩大港口，其在遼東半島的霸主地位放到環渤海地區，就沒有絲毫競爭力了。但就目前來說，兩港整合難度之大，使其無法在短時間內取得突破。
　　此外，地方利益問題也是港口業整合中面臨的另一個難題。分析師表示，幾乎每個中小型港口都有地方政府及地方利益參與其間，每個港口都是當地的“寶貝疙瘩”，對地方的稅收、經濟拉動都有相當的分量，跨區域整合將導致稅收、經營控制權等問題上的矛盾。
　　不過，在經濟利益的刺激下、同業競爭的壓力下，國內港口資源的整合已經成為勢不可擋的潮流，盡管有著這樣或那樣的阻力，最終將難改歷史發展的方向。