設班輪總部基地園區
土地規劃方面，深圳市將規劃建設“國際集裝箱班輪公司總部基地園區”，吸引國際班輪公司地區性總部或操作中心落戶深圳，重點引進世界前30名公司地區性總部進駐。同時，政府將嚴格控制鄰近港區和規劃港區的后方土地用途，不能用于商業性房地產開發，并預留港區口岸單位辦公設施、查驗場地等用地。另一方面，當局在東西港區外規劃建設船公司后勤基地和集裝箱拖車公共停放場，并在龍崗、寶安、南山和鹽田規劃港口后勤配套產業發展區域。
規定年增三個集箱泊位
工程建設方面，《意見》提出三大目標。一是要加快鹽田三期擴建工程、蛇口三期、大鏟灣一期工程的建設，盡快啟動大鏟灣港區二期工程、鹽田西港區、鹽田東港區后續工程的建設，以確保今后5年每年有3個以上的集裝箱泊位建成投產。二是重點建設西部港區航道工程、深水錨地工程以及深圳港口水上支持保障系統，以確保銅鼓航道一期工程建設在今年上半年竣工，并盡快啟動銅鼓航道二期工程和西部公共航道、錨地的建設工程。三是加快港口道路集疏運系統建設，以提高深圳港與周邊貨源腹地的陸路聯通能力。政府將盡快在港區后方陸域內規劃、建設集裝箱拖車停放、維修和后勤服務基地，以及在東西港區疏港道路沿線，規劃、建設相應的集裝箱拖車加油設施。
建海運通關聯席會議制
通關政策方面，深圳市政府將建立海運通關聯席會議制度。每季度定期召開聯席會議，制定措施及解決海運通關中的問題。在改善港口口岸通關環境上，政府將整合現有口岸單位的用地資源，實行集中式查驗，在東西港區建設集中辦公、辦文的口岸大樓設施。與此同時，當局亦會繼續深化海運通關、客戶協調員制度、風險式分類通關監管制度等改革，對信譽良好的物流企業及廠商等實行“綠色通道”通關政策。
搞中轉服務給予獎勵
《意見》還制定一系列鼓勵性措施。對進駐深圳的國際集裝箱班輪公司地區總部或操作中心，政府將給予一次性搬遷費用資助及辦公用樓優惠租金。同時，政府亦鼓勵國際大型跨國配送中心和貨代公司華南地區總部落戶深圳，不但對重點物流項目提供相應的優惠政策，更可獲得一次性搬遷費用資助。另一方面，政府將根據貢獻程度，對在深圳港新開辟航線或內支線的船公司及駁船公司，以及從水路到深圳港中轉的集裝箱重箱企業及參與海鐵聯運業務的企業，給予相應獎勵。
