2006年南京油運加快推進結構調整和戰略轉型，積極實施擴張性經營和，加強對國內外大客戶的攬貨經營力度，在鞏固原有客戶的基礎上，逐步發展了EXXON、CHEVRON、TASERO等新客戶，并承諾優先承運中聯油所有進出口成品油。此外，南京油運與國內船廠簽訂了大批新船建造合同，提前4年全部落實了“十一五”運力發展計劃。