南京水運2006年完成主營業務收入12.18億元，同比增長11%。由于受中石化沿江輸油管道建成投產的影響，公司的長江石油運輸業務受到嚴重沖擊。不過，公司海上運輸業務較為有效地彌補了長江業務萎縮的負面影響。2006年，公司共擁有9艘自有油輪在海上運營，并租賃經營了1艘VLCC和1艘7萬噸油輪，實現海洋運輸收入71761萬元，海運利潤21091萬元，分別占公司運輸收入的59.15%、主營業務利潤的61.82%。
鈕宇鳴表示，公司自2001年起開始進行“由江入海”的轉型，2001年-2004年陸續在國內由北到南的各大船廠下造船訂單，造船價格大部分在低位。2007年-2010年，公司的運力增長率分別為12%、21% 、57%和84% ，到2010年，公司的總運力將達到152萬噸，比 2006年增長290%。由于目前國內造船業景氣度高，造船廠的船臺均極為飽和，因此與國內部分航運企業相比，公司的運力增長計劃已經全部通過訂單落實，公司未來幾年發展的基礎非常穩固。
公司的控股股東為長航集團下屬南京油運公司，南京水運與南京油運所從事業務基本重合。南京油運目前擁有3艘4.6萬噸MR型油輪、1艘7萬噸巴拿馬型油輪、1艘VLCC。另外，南京油運還持有21艘4.6萬噸MR和5艘VLCC訂單。如果南京油運整體上市，2010年公司將擁有48艘油輪（其中包括9艘VLCC），總運力450萬噸，在國內油運市場地位僅次于中海發展，成為國內第二大海上石油運輸企業。
