隨著內地進出口貿易快速發展，航運市場需求旺盛，需要大量的船舶運力提供運輸服務和國際化的物流服務，這為香港的船舶運輸經營者和物流經營者提供了良好的市場發展機遇。2004年1月1日，CEPA正式實施為內地與香港航運業發展帶來了新機遇。

截至2006年年底，內地航運主管部門依據CEPA辦理了120多項申請，使海運服務的各項承諾得以順利落實，多數企業已進入實質性經營階段，并取得可觀的經濟效益。根據CEPA的規定，香港企業在內地辦事處的母公司只要符合條件，便可轉變為獨資公司。香港船東通過在內地設立的獨資船舶管理公司，可為本公司經營的船舶配備內地船員，這既有利于內地船員外派，又可為香港船東降低成本。