日前，國家交通部發文對廈門港跨行政區劃對廈門灣港口資源進行整合實行一體化管理予以確認。文件還確認由廈門港口管理局依據 《港口法》的規定，履行東渡、海滄、嵩嶼、劉五店、客運、招銀、后石、石碼等8個港區的港口行政管職能。
    2006年1月1日，根據福建省政府決定，廈門灣內廈門市所轄的港區與漳州市所轄的后石、石碼、招銀三個港區合并組成新的廈門港，成立廈門港口管理局，作為全廈門灣港口、航道和水路運輸實施行政管理的交通行政管理部門。
    由于跨行政區劃整合港口在全國尚屬首例，一體化管理不可避免的存在一些問題。貨物單證不統一一直困擾招銀、后石、石碼港區。由于廈門港一體化管理未得到國家交通部確認，三個港區身份無法變更。招銀港區招商局漳州碼頭公司的貨物進出口單證的目的港或始發港口岸名稱至今仍然是 “漳州港”，頗讓船方、貨主費解，也為進出三港區的船舶帶來不便。此外，一灣兩港也帶來了重復簽證和重復收費弊端，增加船舶在港滯留時間和船方營運成本。此次交通部下文確認，為統一廈門港進出口貨物單證、降低船公司運營成本，提高廈門港綜合競爭能力創造了有利條件。
    廈門灣港口實施一體化管理一年多來，廈門港口管理局在資源正源整合的基礎上，修編了 《廈門港總體規劃》，抓住機遇，加大港口基礎設施建設投資，全港深水航道建設和深水泊位的“兩深工程”順利推進，南岸港區的生產環境得到明顯改善。
    目前，石碼港區和招銀港區航道相繼完成了增深拓寬改造，招銀港區7號泊位于去年建成投產。石碼港區角美作業區的碼頭建設已于上半年啟動。此外，進出招銀、后石港區的船舶實行24小時全天候引航。這一連串的措施有效的刺激了南岸港區的快速發展。