據悉，集裝箱業務將成為南京港口集團未來幾年內的戰略發展重心。其中，由南京港口集團、上港集裝箱股份公司、中遠碼頭等幾家企業合資組建運營的龍潭集裝箱碼頭，是南京港口集團未來幾年內的戰略發展重心。去年南京港的集裝箱吞吐量是80萬TEU，今年將突破100萬TEU。四期工程現在已經開建，預計到2010年時，南京港的集裝箱吞吐量將力爭達到300萬TEU。目前集裝箱業務收入占了南京港口集團總收入的20%左右，在未來的幾年內這個數字預計將達到40%~50%。此外，隨著長江口深水航道治理三期工程的穩步實施，到2008年12.5米深水航道將由長江口上延至江蘇太倉，并有望進一步延伸至南京。屆時7萬噸的海輪將得以直接抵達南京。