2008年11月4日，海峽兩岸就“大三通”達成協議，同意在現有的五個周末包機航點的基礎上，新增深圳等十六個城市作為客運包機航點，并將兩岸周末包機擴大為平日包機。這標志著深圳與臺灣兩岸直航即將到來。深圳機場出入境邊防檢查站積極行動，做好硬件和軟件的準備工作，迎接兩岸交流歷史性時刻的到來。 
　　由于珠三角地區臺商云集，深圳機場及福永碼頭一直以來都是臺商出入境的重要口岸。目前，深圳機場福永碼頭每天開通有9個（4進5出）往返香港機場的客輪航班，單程僅需60分鐘。該口岸出入境旅客中臺胞占到43%，是大陸經香港來往臺灣的黃金通道。兩岸直航后，深圳機場獨特的�？找惑w口岸模式，或可使深圳機場及其碼頭成為“�？找惑w、全天開放”的重要赴臺口岸。為了應對可能出現的客運高峰，深圳機場邊檢站著手研究制定包括應急勤務調整方案、相關業務知識培訓、加強與航空公司、口岸簽證處、聯檢單位合作在內的各項措施。另外，深圳機場邊檢站還將進一步完善多項精細服務措施，為兩岸直航提供優質通關服務。
　　在硬件設施上，由于T3候機樓正在修建，新的臨時國際候機樓作為過渡候機樓竣工在即。該站在新臨時候機樓的旅檢設施布置上也充分考慮到兩岸直航，統一完善口岸執勤標識、考慮開設專用通道等。并與承建單位一起加班加點，爭取在兩岸直航之前完成臨時候機樓的搬遷任務，以嶄新溫馨的通關環境迎接來自海峽彼岸的同胞。