繼上海、福建、大連、海南、廣西等省的八個保稅港區后，廣州南沙港區成為廣東省首個保稅港區終獲國家批準，廣州南沙港也成為中國第9個保稅港區，而深圳也接連獲得國務院批準，成為中國第10個保稅港區。 
廣州市政府副秘書長唐航浩認為，廣州南沙保稅港的建立，能支撐珠江三角洲港口群的整體發展，對于完善珠三角港口群的保稅物流體系，推動廣東省加工貿易轉型升級和開放型經濟加快發展有重要意義。 
目前，廣州南沙出口加工區首期工程已經通過國家海關總署等有關部門的正式驗收，南沙國際物流園區一期項目已根據海關總署和廣州海關的批覆按照「保稅倉」和「出口監管倉」模式進行運作。南沙保稅港建立后，就有利于在廣州和珠三角中西部地區形成一個功能完備、輻射能力強的保稅物體系。