大陸在1997年4月與臺灣共同實施境外航運中心，兩岸船只可直接往來高雄港與廈門、福州港，原本廈門、福州許多貨物都經由高港轉運，不過，近幾年廈門港口設施日趨完善，使得高雄境外運中心的運量已連續三年衰退，未來情況也不樂觀。 
　　境外航運中心是推動兩岸直航的重要政策，不過，實施近十一年來，仍局限在高雄港與廈門、福州港，且近幾年成效還逐漸萎縮。 
　　交通部航政司指出，境外航運中心運量在2004年達到最高點，貨量約有67萬TEU，之后年年下滑，2005年降為66萬TEU，2006年減為61萬TEU，2007年再降到57萬多TEU。 
　　航政司分析，主要是廈門港口設施日趨完善，大型船舶可以停靠，很多貨物可直接從廈門港送上貨柜船出口到國外，不必再到高雄港轉運，而廈門港口設改善主要也是大型船公司愿意投資，例如丹麥快桅在廈門港就建了三座深水碼頭，去年已陸續啟用。