為兩岸大三通，福州保稅區規劃在其轄內籌建“兩馬三通”物流中心，以期突破目前對臺小額貿易局部、單向的局限，實現兩岸貨物雙向直航，并實現大陸貨物通過保稅區進入馬祖及臺灣本島市場。據介紹，所謂的“兩馬三通”是指兩岸貨運經由臺灣到馬祖，通過馬祖與馬尾海運直航運抵馬尾港，再通過福州保稅區集散分撥到大陸市場的雙向流通的物流方式�！皟神R三通”物流中心將實現臺灣─馬祖─馬尾保稅區─大陸的雙向貨物直航，從而改變目前“兩馬小三通”的局部、單向等多重限制，為兩岸貨物提供路線最短、成本最低、時間最快的物流服務。