受金融海嘯沖擊，以出口貨源為主的深圳港吞吐量正持續滑坡。香港文匯報報導，深圳交通局副局長馬勇智預測，深圳港今年集裝箱吞吐量成長可能只有3%至4%，而去年有14%的成長。  　　報導指出，由于2009年外貿前景不佳，深圳港不得不向內發展，與航運公司協作開辟國內貿易貨源，但這將威脅到經營國內貿易運輸為主的廣州港。在廣州港力保江山，加上深圳港轉型自救，勢必將掀起一場爭貨戰。 
　　金融危機使全球貿易量嚴重滑坡，以外貿航線為主的深圳各港口也受沖擊。據統計，今年1至6月，深圳港集裝箱吞吐量滑坡到7.2%，是首次出現負成長，至10月更滑坡到4.19%。業界指出，深圳港運量長期都是兩位數成長，今年狀況實屬罕見。 
　　深圳港中擁有近40條北美航線的鹽田港區，因美國采購商訂單劇減，航運公司不得不撤船、并線、減少或兼用艙位，將美國航線艙位轉至其他航線。雖然鹽田港及時調整航線，新辟歐洲線和東南亞線，但當前效果不明顯。 
　　業界人士表示，鹽田港“轉辟歐亞航線”的成效不明顯，美國的經濟問題已向歐亞蔓延。當前歐洲和亞太地區經濟成長也已滑坡，前兩年一直保持兩位數成長的亞太至歐洲航線，今年成長幅度僅有個位數。在珠三角各港口中，香港、深圳、廣州三大港口的差異化定位一直都很明確：香港和深圳主要以國際航線為主，廣州以國內貿易航線為主。如今深圳港不得不向內發展，開辟新的國內航線，港口間關系更為緊張。