2006年12月至2007年10月，財政部組織開展了全國行政事業(yè)單位資產清查工作（以下簡稱資產清查工作）。資產清查結果顯示，截至2006年12月31日，全國行政事業(yè)單位國有資產總額達到8.01萬億元，其中凈資產總額為5.31萬億元，占全部國有凈資產總額的35.14%。從單位類別看，行政單位占25.63%，事業(yè)單位占74.37%；從級次看，中央占15.24%，地方占84.76%；從資產構成看，流動資產占37.75%，固定資產占52.19%，對外投資占2.14%，無形資產占1.09%，其他資產占6.83%。
    本次資產清查的基準日為2006年12月31日，具體涉及150個中央部門和36個省、自治區(qū)、直轄市及計劃單列市，共計67.2萬戶獨立核算的行政事業(yè)單位。為組織做好資產清查工作，財政部成立了全國行政事業(yè)單位資產清查工作小組，統(tǒng)一部署全國資產清查工作。各地區(qū)、各部門、各單位也分別成立了資產清查工作小組，具體負責本地區(qū)、本部門、本單位資產清查工作的組織實施。各級財政部門委托社會中介機構對資產清查結果進行了專項審計。