北部灣港口的集疏運問題，正成為制約其發展的瓶頸。 
　　周邊運輸條件制約港口發展 
　　北部灣三大港口的貨源主要依靠云、貴、川的大型企業，運輸方式包括鐵路和公路。與很多大型港口城市不同，接入北部灣三大港口的鐵路由廣西沿海鐵路股份有限公司修建，屬地方鐵路，主要有南寧至欽州、欽州至防城港、欽州至北海三條線路。
　　公路方面，主要是南寧至北海高速公路，南北高速通過欽州，在欽州又興建一條高速公路通往防城港，稱為欽防高速。目前能夠將南寧、北海、欽州、防城港四個北部灣城市聯系在一起的高速公路也只有這條。
　　對于港口來說，周邊的運輸條件是制約港口發展的主要因素。在采訪中，不少人士告訴記者，北部灣的鐵路輸送能力已成為制約港口發展的因素。目前，沿海三港的進出港鐵路不夠完善，規模小，直通港口的鐵路專用道少；另外港口與鐵路、公路及場站之間缺少銜接，造成效率不高，很難發揮綜合交通的整體效益。
　　據欽州市港務集團相關人士介紹，由于鐵路運輸存在瓶頸，欽州港一直存在貨物壓港現象，目前只有50%不到的貨物是通過鐵路來運輸的，防城港港務集團也有這樣的感受。無奈之下，北部灣各大港口的貨物不得不大量通過公路來運輸。
　　北部灣三港的優勢與劣勢
　　北海市最大的物流公司之一，北海四方國際物流有限公司一位張姓副總經理在接受采訪時指出，通過公路運輸一方面會提高貨運企業的運輸成本，另一方面還會影響貨運時間。但是由于沿海鐵路的運輸能力有限，加上地方鐵路本來存在一些問題，中小型的貨運企業要想從沿海鐵路得到火車皮較難，沿海鐵路公司通常會首先考慮大型企業的貨運。在運力本來就很緊張的情況下，中小企業的貨運自然很難得到保證。
　　張經理還指出，有不少企業反映，如果貨物從廣西黎塘中轉，通過國有鐵路將貨物運往廣東湛江港的成本將少于通過沿海鐵路將貨物運往北部灣三大港口的成本，雖然黎塘至湛江的鐵路運距要遠大于黎塘至北部灣三大港口的運距。他認為，這是一個很奇怪的現象。
　　那么，為什么還有很多企業選擇從北部灣三大港口進出口貨物呢？張經理認為，有三個原因：一是北部灣港口確實具有不錯的地理優勢，是天然的出海口；二是從企業戰略上考慮，選擇多家港口有利于減少貨物運輸的風險，比如，如果湛江港運輸突然出現問題，它可以通過加大對北部灣三大港口的運輸力度來保證貨物的準時運送；三是不同的港口因為貨源不同，吞吐量不同，在對待客戶時，服務質量會有不同，一個中型企業如果去到湛江港可能只是一個普通客戶，在船只靠泊、裝卸時間選擇上沒有任何優勢，而如果去到欽州港或者北海港，它就可能是一個重要客戶，它能夠獲得比湛江港更優越的停泊和裝卸時間，進而節約等待成本。通常來說，等待成本會遠高于運輸成本。
　　打造北部灣集疏運通道
　　不過，分析人士認為，要使北部灣港口形成核心競爭力，僅僅靠上述優勢顯然是不夠的，北部灣港口的集疏運瓶頸需要盡快解決。有知情人士透露，廣西沿海鐵路已經有與國鐵合作或者融為一體的想法。
　　據了解，在去年11月份發布的《廣西壯族自治區沿海港口布局規劃》中，廣西沿海港口的交通將通過鐵路、公路和海路等多種方式，建設從廣西沿海港口通往東盟、華南、中南及西南經濟區的集疏運通道。
　　往西南方向，形成以南昆、黔桂、南防、黎欽、欽北鐵路和南北、欽防、水南、南百高速公路為主線，連接廣西沿海港口與云南、貴州等西南腹地的綜合運輸通道；往華南方向，將以南寧-玉林、南寧-廣州鐵路和南寧-湛江、南寧-梧州公路為主線，形成通往廣東及港澳地區的運輸通道；往中南方向，以焦柳、湘桂、黎湛等鐵路和桂海高速公路等為主線，形成通往湖南及華中地區的運輸通道；以南寧-憑祥鐵路和南寧-友誼關、防城港-東興等公路與越南相連，形成通往東盟的國際陸路通道。