當(dāng)前，我國縣域經(jīng)濟(jì)當(dāng)前存在如下五個(gè)突出問題。
一是全國縣域經(jīng)濟(jì)發(fā)展極不平衡。我國縣域經(jīng)濟(jì)發(fā)展水平的區(qū)域分布特征與區(qū)域發(fā)展總體格局一致，即發(fā)達(dá)的縣主要分布在東部地區(qū)，落后的縣主要分布在中西部地區(qū)。2006年，全國地方財(cái)政收入預(yù)算收入超過5億元的縣共有204個(gè)，東部、中部、西部、東北地區(qū)分別有144、28、26和6個(gè)。其中，浙江36個(gè)、江蘇34個(gè)、山東34個(gè)，三省合計(jì)數(shù)占全國的51%；如再加上廣東（14個(gè)）、河南（14個(gè)）、福建（9個(gè)），則六省合計(jì)數(shù)占全國的70%；而西藏、青海、寧夏、湖北、安徽、黑龍江、海南1個(gè)都沒有。全國農(nóng)民人均純收入6000元以上的縣共有118個(gè)，也主要分布在東部地區(qū)，其中江蘇24個(gè)、浙江37個(gè)、山東18個(gè)，三省合計(jì)個(gè)數(shù)占全國的67%。
二是縣域經(jīng)濟(jì)的產(chǎn)業(yè)結(jié)構(gòu)層次偏低，經(jīng)濟(jì)發(fā)展基本要素供應(yīng)不足。目前，全國縣域經(jīng)濟(jì)的一產(chǎn)比重約25%，而2007年全國GDP中一產(chǎn)的比重已達(dá)11.7%。因此，縣域經(jīng)濟(jì)整體上仍然沒有擺脫“農(nóng)業(yè)大縣、工業(yè)小縣、財(cái)政窮縣”的基本特征。近年來，金融、土地、人才、技術(shù)等產(chǎn)業(yè)要素日益向城市特別是中心城市集聚，縣域經(jīng)濟(jì)做大做強(qiáng)所需的要素支撐更顯不足，比如，在金融支持上，四大國有商業(yè)銀行從農(nóng)村不同程度的退出，縣域范圍內(nèi)資金多數(shù)呈現(xiàn)凈流出狀態(tài)；在用地供應(yīng)上，很多省份的土地利用年度計(jì)劃分配到縣的指標(biāo)不足總量的10%。
三是縣域經(jīng)濟(jì)的發(fā)展方式有待轉(zhuǎn)變，工業(yè)化和城鎮(zhèn)化推進(jìn)過程中存在諸多盲目性。很多縣級(jí)地方政府仍然片面地把發(fā)展工業(yè)化理解為上項(xiàng)目、建工廠、建開發(fā)區(qū)，把發(fā)展城鎮(zhèn)化理解為上廣場(chǎng)、建樓房、改戶口。由于縣鄉(xiāng)政府招商引資的愿望迫切，隨著近年來發(fā)達(dá)地區(qū)和中心城市產(chǎn)業(yè)結(jié)構(gòu)的調(diào)整，一批低端制造業(yè)項(xiàng)目向縣域轉(zhuǎn)移，其中不少是能耗偏高、污染較重、單位土地投資強(qiáng)度偏低的項(xiàng)目，造成資源浪費(fèi)、環(huán)境破壞和對(duì)“三農(nóng)”利益的損害。
四是縣鄉(xiāng)財(cái)政困難問題仍然突出，縣級(jí)政府經(jīng)濟(jì)調(diào)節(jié)和公共服務(wù)的能力不足。據(jù)有關(guān)資料顯示，目前全國平均每個(gè)縣的赤字約一個(gè)億，全國赤字縣占全國縣域的比重大約在3/4左右，赤字總量占這些地方財(cái)政總量的近80%。因財(cái)政硬缺口大，縣級(jí)財(cái)政基本上是“吃飯財(cái)政”，缺乏償債能力，縣鄉(xiāng)政府的債務(wù)風(fēng)險(xiǎn)仍未得到根本性控制。同時(shí)，縣級(jí)政府對(duì)縣域范圍內(nèi)教育、衛(wèi)生、文化、社會(huì)保障、救災(zāi)救濟(jì)、計(jì)劃生育等各類公共服務(wù)都負(fù)有直接責(zé)任，縣級(jí)財(cái)政供養(yǎng)大量相關(guān)行政事業(yè)單位人員，而縣級(jí)的財(cái)權(quán)與事權(quán)明顯不匹配，責(zé)權(quán)利不對(duì)等。因此，除少量經(jīng)濟(jì)強(qiáng)縣外，縣級(jí)政府動(dòng)用各方面力量發(fā)展經(jīng)濟(jì)、調(diào)控經(jīng)濟(jì)的手段不強(qiáng)，自主加強(qiáng)公共服務(wù)的能力普遍較弱。
五是縣域經(jīng)濟(jì)的體制束縛仍較嚴(yán)重，自我發(fā)展能力和活力有待增強(qiáng)。在行政管理體制方面，隨著地改市的推行，由市管縣帶來的體制性負(fù)面效應(yīng)逐步顯現(xiàn)。一方面，因機(jī)構(gòu)層級(jí)較多，行政成本增加，行政效率下降；另一方面，市級(jí)政府往往傾向于調(diào)配市域內(nèi)資源來集中發(fā)展中心城市，由此造成了縣域經(jīng)濟(jì)自身活力不強(qiáng)、財(cái)力不足、資源不夠。在農(nóng)業(yè)生產(chǎn)方式上，現(xiàn)行的農(nóng)村土地制度不適應(yīng)現(xiàn)代化生產(chǎn)經(jīng)營的問題正日益顯現(xiàn)，農(nóng)用地流轉(zhuǎn)和適度規(guī)模經(jīng)營仍受諸多制約，而“農(nóng)地入股”試驗(yàn)也存在著土地承包經(jīng)營權(quán)的“償債”風(fēng)險(xiǎn)。在企業(yè)改革發(fā)展方面，雖然縣鄉(xiāng)國有集體企業(yè)的改制已取得重要進(jìn)展，但企業(yè)的社會(huì)化服務(wù)體系普遍沒有建立起來，縣域民營企業(yè)、中小企業(yè)在融資、技術(shù)、人才、咨詢、物流服務(wù)等方面存在著較多障礙。