廈門航空港集團透露了第3期機場候機樓的部分擴建方案，將新建一幢年容量500萬人次的國際候機樓，改變目前國內、國際候機同在一樓導致空間緊張的局面。另外，3期還將拆除1期的老舊候機樓，建設近程機位候機樓，專門運營廉價、支線航線，其年容量為500萬人次。全部工程竣工后，總容量將達2500萬人次。目前，工程的前期報批工作已全面展開，機場總體規劃的修編工作正在積極推進。  　　民航總局規劃定位廈門高崎國際機場為未來的中型門戶樞紐機場，是重要的口岸。目前候機樓能滿足年容量1200萬人次的需求，極限約1500萬人次。至去年底，直接通航城市62個，其中國內43個，國際及地區19個，已成為連接全國各地和東南亞、東北亞的重要區域性航空樞紐。 
　　目前，機場2期存在問題包括飛行區站坪太窄、現有跑道不足、登機橋偏少、國際區擁擠、貨運處理能力受用地限制、航空公司基地用地少。此次3期擴建，將對目前機場的飛行區、空中交通管制系統、旅客航站區（候機樓）、貨運區4大方面進行擴建，可謂“脫胎換骨”。 
　　在飛行區方面，機場跑道擴建按照F類飛機（如空巴A380）運行要求進行，將延長跑道至3600米，增加滑行道長度，并相應加寬跑道。但之前“新建一條跑道”的規劃方案目前未確定。另外，因機場吞吐量增大，將擴大空中交通管制系統建筑面積，以滿足機場未來的正常運行；初步考慮按照每年100萬噸至120萬噸的處理能力規劃進行貨運區擴建。