各港區功能定位 
　　鹽田港區：以遠洋干線集裝箱運輸為主的大型專業化集裝箱港區，遠期有條件部分發展為保稅港區。
　　南山港區：以規�；�的集裝箱運輸為主，兼顧客運和通用散雜貨運輸及修造船基地等多功能的綜合性港區。
　　大鏟灣港區：是大型專業化集裝箱港區，以集裝箱遠洋干線運輸為主，兼顧近洋、內支航線和少量內貿運輸，結合后方物流園區大力發展綜合物流，遠期有條件部分發展為保稅港區。
　　大小鏟島港區：以成品油、液化氣裝卸、儲存、中轉為主的專業化危險品港區。
　　寶安港區：以散雜貨和旅客運輸為主，適度發展集裝箱駁運的多功能、綜合性港區。
　　龍崗港區：深圳港東部能源運輸基地和臨港工業發展基地，并大力發展水上旅游客運。
　　深圳港將形成“兩翼、六區、三主”的總體格局，并帶動沿岸貿易、金融產業的發展。昨今兩天，《深圳港總體規劃》進行預審，預計到2010年深圳港集裝箱年吞吐量將達到2800萬標準箱。
　　總體格局：兩翼、六區、三主
　　自2006年底起經過一年多的修編，《深圳港總體規劃》（以下簡稱《規劃》）出爐并于昨日進入預審階段。針對深圳港目前存在的港口功能布局不合理、產業功能不完善、以及嚴峻的資源性約束等問題，形成“兩翼、六區、三主”的總體格局。
　　“兩翼”是指東、西部兩大港口群，“六區”是指東部的鹽田、龍崗港區和西部的南山、大鏟灣、大小鏟島和寶安港區，“三主”是指以集裝箱運輸為重點、體現深圳港核心競爭力的鹽田、南山和大鏟灣三大主體港區。并進一步依托三大集裝箱港區，形成以“三區、一基地、多通道”的物流系統空間布局。
　　功能定位：現代化港口
　　《規劃》顯示，深圳港將調整為以集裝箱運輸為主，兼顧能源和散雜貨運輸，積極發展和吸引物流、信息、代理、保險及金融等現代服務業，適度發展具有深圳特點的臨港產業，重點拓展和完善現代物流服務、航運商務服務、水上客運和國際郵輪母港、保稅、航運配套產業等功能。在我國沿海港口中率先發展成為“具有競爭力、推動力、環境友好、安全可靠、可持續發展”的現代化港口。
　　據了解，深圳港經過28年的建設和發展，從無到有，共投入資金400多億元，基本建成了較為完善的現代化港口基礎設施。此次規劃是在1998年制定的《深圳港總體布局規劃》基礎上，重新審視和確定未來深圳港的發展方向和重點。
　　吞吐量：2020年后進入成熟期
　　據介紹，深圳港目前對于深圳市GDP的貢獻率為10.1%（其中直接1.51%，間接8.59%），雖然高于上海（8.4%）、鹿特丹（6.8%）、青島（5.1%）等港口，但是相對于香港的15%以及新加坡的14%的貢獻率還相差很多。為此，市交通局副局長于寶明表示，市政府會“不惜血本發展港口”，“提高港口對城市的貢獻率”。他還總結出此次規劃不同于以往的三大亮點，即定位上向現代化港口邁進；完善港口設施，對大鏟灣進一步定位；提升港口沿岸配套產業，帶動貿易、金融的發展。