盡管面臨著最好的歷史契機，北部灣地區的港口仍然面臨一系列難題。最關鍵的待解難題是鐵路。目前，南寧鐵路局下轄線路已基本飽和。如果不發展復線，即使北部灣建成億噸大港，貨物也很難拉出去。同時，鐵路的管理也阻礙了發展。同在北部灣，廣東湛江港的疏運鐵路都在南寧鐵路局轄區內，但廣西的防城港港、欽州港、北海港卻在沿海各有一段地方鐵路。自治區政府曾考慮將地方鐵路納入國有，但因對資產、人員的去向存在分歧，一時難以操作。
　　公路收費也是一道難題。西南大通道早就有了，為什么云貴的貨車卻要舍近求遠跑到深圳去？從云南到防城港港，一路共有160多個公路收費亭。而在東部沿海，如寧波等地，只要是集裝箱運至港口，一般都不收公路費，或費用減半。
　　另一個亟待解決的難題，是碼頭堆場容量問題。在這方面，欽州港的問題尤其嚴重，其碼頭堆場只有400畝，去年支撐700多萬噸貨流已是超負荷運轉，且目前沒有擴展的可能。當然，如果搞大欖坪保稅港區建設，還有希望解決問題。
　　背景：4月18日，廣西欽州市委書記湯世保表示，作為規劃中的保稅港區，欽州將為整個大西南服務，并將成為我國開放程度最高、功能最齊全、政策最優惠的海關監管區。這使北部灣港口的發展再次成為關注焦點。