交通運輸部辦公廳７月９日下發了《關于網上辦理臺灣海峽兩岸間船舶營運證的通知》（以下簡稱《通知》）。為提高行政效率，便于船舶運輸企業或其船舶代理人申請辦理《臺灣海峽兩岸間船舶營運證》（單航次），交通運輸部決定自２００８年８月１日起，試行網上受理行政許可申請。

        《通知》指出，網上辦理的范圍僅適用于臺灣海峽間不定期船舶運輸的單航次審批。為保證申請人網上提交申請材料的真實性、可靠性、安全性，根據有關法律法規的規定，申請人應事先申請取得“企業網上電子身份證書”（以下稱“電子鑰匙”），“電子鑰匙”由中交網科技有限公司代辦。有兩類經營人應辦理“電子鑰匙”：經營兩岸航運的大陸船舶運輸企業；為兩岸航運船舶提供代理服務的大陸船舶代理企業。

        具體的辦理程序為：第一步，申請人事先申請取得“電子鑰匙”；第二步，登陸交通運輸部政府網站（ｗｗｗ．ｍｏｔ．ｇｏｖ．ｃｎ）后，在網站首頁“辦事服務”欄目憑“電子鑰匙”進入臺灣海峽兩岸船舶運輸業務網上辦理系統；第三步，在網上填報申請并將申請材料掃描后即時傳輸；第四步，交通運輸部依據《臺灣海峽兩岸間航運管理辦法》（交通部令１９９６年第６號）等有關規定進行審批，并在網上公布審批結果；第五步，申請人在網上自行打印《臺灣海峽兩岸間船舶營運證》，并提交口岸海事部門查驗。