1928年7月12日，馬士基航運公司的第一艘船舶LeiseMaersk從美國東海岸的巴爾的摩出發，經由巴拿馬運河前往遠東地區，開通了美國與遠東之間的班輪航線。 
　　這艘船舶裝運的是福特汽車零部件及其他一般貨物。LeiseMaersk裝載了3,600噸貨物，相當于200個20英尺標準集裝箱(TEU)。離開巴爾的摩59天后，LeiseMaersk到達日本，它將在第72天到達下一站菲律賓。返航時，這艘船舶裝載的是糖、絲綢和油類產品。
　　二十世紀三十年代，馬士基航運公司擴展了該航線并將其稱為“巴拿馬航線”，該航線當時共有九艘現代化船舶運營。那個年代還沒有集裝箱。貨物通過卡車和火車運到港口并存放在倉庫中。船舶到岸后，將貨物從倉庫運到碼頭，再用吊貨網裝船并碼放在船舶的貨倉中。這個過程繁重而耗時，因此在碼頭�？恳恢芑蚋�長時間都是很平常的事。
　　貨物運輸并不是我們唯一的項目。1950年之前，馬士基航運公司還曾提供過客運服務。貨運班輪可搭載12名乘客。只要花不太多的錢，乘客“就能享受一次悠閑的旅行、了解一下七大海洋上的生活感受，同時還能親身接觸那些有著不尋常生活方式的人們”。
　　二十世紀五十年代恰逢馬士基航運公司在世界各地擴展業務的時期，而業務的擴展又特別集中在將日本與新興的東南亞和中東地區相聯接的遠東市場；另外，公司還引入了“環繞世界”航線，將西非也納入了自己的網絡之中。
　　1956年，集裝箱革命的星星之火已經點燃。首個集裝箱由IdealX從新澤西州的紐瓦克港運送到德克薩斯州休斯敦港。集裝箱是由MalcolmMcLean發明的。據說，McLean在卡車中等待將貨物重新裝船的時候想到：與其來回裝卸卡車，倒不如對卡車車身做一些改裝，做成集裝箱來進行運輸。用集裝箱裝運貨物的優勢很多，比如，可以減少倉儲需求、降低貨物損耗、方便物流周轉，同時，操作也更快捷、更標準化。這樣，效率更高了，成本也更低了。正如《經濟學家》中所描述的：“沒有集裝箱，可能就不會有全球化的出現�！�
　　然而，集裝箱運輸的真正繁榮卻經歷了一段不短的時間。直到二十世紀六十年代末七十年代初，才達成了我們沿用至今的相關標準協議。1973年，馬士基航運公司訂購了首批專用集裝箱船舶；1975年，容量為1400TEU的AdrianMaersk承擔了馬士基航運公司的首次集裝箱運輸。其沿用的航線即是開通了47年之久的巴拿馬航線。
　　集裝箱所帶來的變革和影響在二十世紀七、八十年代開始逐步顯現并增強，越來越多的貨物也開始選擇集裝箱來進行裝運。這樣一來，對港口（港口需安裝專業的集裝箱起重設備并備有集裝箱存放區域）和物流（需記錄整個運輸鏈的往來單據及信息）就提出了新的要求。為了給集裝箱運輸提供最好的支持，A.P.穆勒集團還在運輸鏈中應用了一種更加完善的整體方式。這種方式加速了裝運碼頭的升級、港口的發展并推動了物流公司的建立（馬士基物流公司，原名是Mercantile）。
　　二十世紀九十年代，馬士基航運公司重點發展與其他航運公司（P&O集裝箱班輪公司和海陸公司）之間的合作與并購（1993年對東亞公司及1999年對海陸公司的并購）。我們的目標至今并未改變，那就是，在不斷發展的貿易與全球化背景下，與客戶共同發展、滿足客戶的需求。馬士基航運公司在進行業務擴展的同時，還開發了自己的船舶。1996年，ReginaMaersk成為世界上最大、最現代化的集裝箱運輸船舶，容量達到6000TEU，可搭乘15名船員。但僅僅過了一年之后，也就是在1997年，它就被擁有6600TEU容量的SovereignMaersk取代了。
　　2006年，容量為11,000TEU的EmmaMaersk（其容量為LeiseMaersk的65倍�。﹦摿⒘艘环N新的標準，使裝運過程更經濟、安全、環保。