2007年1月，廣西與越南諒山兩區(qū)省商務(wù)部門共同簽署了《中國(guó)廣西壯族自治區(qū)與越南諒山省建立中越邊境跨境經(jīng)濟(jì)合作區(qū)合作備忘錄》，提出在雙方接壤地區(qū)各劃出8.5平方公里，共同建設(shè)中越跨境經(jīng)濟(jì)合作區(qū)的設(shè)想。該項(xiàng)目引起社會(huì)各界的廣泛關(guān)注，得到了聯(lián)合國(guó)開發(fā)計(jì)劃署駐華代表處、中國(guó)國(guó)家商務(wù)部、海關(guān)總署、廣西區(qū)政府的重視和支持。2007年2月初，聯(lián)合國(guó)開發(fā)計(jì)劃署把該項(xiàng)目列為扶持邊境地區(qū)經(jīng)貿(mào)合作試驗(yàn)項(xiàng)目，給予75萬美元的前期工作經(jīng)費(fèi)支持；同年10月29日的第四屆中國(guó)-東盟博覽會(huì)上，聯(lián)合國(guó)聯(lián)合開發(fā)計(jì)劃署駐華代表處啟動(dòng)了“援助中國(guó)-越南跨境經(jīng)濟(jì)合作區(qū)項(xiàng)目”，使項(xiàng)目建設(shè)進(jìn)入了實(shí)質(zhì)性推進(jìn)階段。2007年廣西區(qū)政府提出設(shè)立廣西憑祥綜合保稅區(qū)，作為中越邊境跨境經(jīng)濟(jì)合作區(qū)中方項(xiàng)目區(qū)的先行區(qū)先期啟動(dòng)。 
　　廣西憑祥綜合保稅區(qū)為海關(guān)特殊監(jiān)管區(qū)域，實(shí)施海關(guān)二線監(jiān)管，實(shí)行一次規(guī)劃、分期推進(jìn)、全封閉、區(qū)內(nèi)功能分工、明確界線、卡口分流的封關(guān)運(yùn)作監(jiān)管模式，其功能定位為保稅加工、保稅物流和國(guó)際貿(mào)易等。
　　在各級(jí)各部門的高度重視和大力支持下，廣西憑祥綜合保稅區(qū)項(xiàng)目各項(xiàng)工作有條不紊地推進(jìn)。2007年8月，廣西區(qū)政府已將該項(xiàng)目中方項(xiàng)目區(qū)以海關(guān)特殊監(jiān)管區(qū)項(xiàng)目上報(bào)國(guó)務(wù)院；2008年1月，國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)實(shí)施《廣西北部灣經(jīng)濟(jì)區(qū)發(fā)展規(guī)劃》，憑祥綜合保稅區(qū)是《規(guī)劃》功能組團(tuán)中的重要組成部分；目前包括海關(guān)總署在內(nèi)的國(guó)家10部委都一致原則同意在廣西設(shè)立憑祥邊境綜合保稅區(qū)，并明確表態(tài)給予大力支持，綜合保稅區(qū)的申報(bào)審批文件正在會(huì)簽中，估計(jì)今年10月會(huì)得到國(guó)務(wù)院的正式批準(zhǔn)。目前，綜合保稅區(qū)的總體規(guī)劃、土地利用規(guī)劃和控制性詳細(xì)規(guī)劃編制已經(jīng)完成并通過評(píng)審。保稅區(qū)的功能布局規(guī)劃設(shè)計(jì)、用地征地前期工作、地質(zhì)災(zāi)害評(píng)估、環(huán)境影響評(píng)估、搭建融資平臺(tái)、重點(diǎn)產(chǎn)業(yè)、重點(diǎn)項(xiàng)目的招商引資、“三通一平”基礎(chǔ)設(shè)施建設(shè)的準(zhǔn)備等各項(xiàng)前期工作都在同步推進(jìn)中。截至2008年7月底，區(qū)域內(nèi)已通過地方政府和社會(huì)融資等方式完成基礎(chǔ)設(shè)施建設(shè)和配套設(shè)施建設(shè)投資12億多元，其中國(guó)際貿(mào)易區(qū)域完成投資6億多元；保稅物流區(qū)域完成投資6.52億元。目前，綜合保稅區(qū)已引進(jìn)了家具加工、服裝加工、電子產(chǎn)品組裝等進(jìn)出口加工項(xiàng)目。