產(chǎn)業(yè)結(jié)構(gòu)不合理
據(jù)了解，雖然經(jīng)過多年的治理整頓，目前全國煤炭企業(yè)數(shù)量仍在2萬個左右，小煤礦數(shù)量和產(chǎn)量規(guī)模仍占相當(dāng)大的比重。而與此同時，一些非法開采和技術(shù)落后，缺乏安全生產(chǎn)條件的小煤礦大量無序開采，造成煤炭資源浪費、環(huán)境破壞和過度競爭，給煤炭市場帶來更多的不確定和不穩(wěn)定因素，制約了煤炭行業(yè)生產(chǎn)力水平的提高，進而延緩了煤炭行業(yè)結(jié)構(gòu)調(diào)整與優(yōu)化的進程。近年來，一些具有資源、融資、人才和區(qū)域優(yōu)勢的企業(yè)，呈現(xiàn)高層次、多元化、高質(zhì)量快速發(fā)展態(tài)勢。而一些老礦區(qū)的大型國有煤炭企業(yè)，由于資源品質(zhì)下降，社會負擔(dān)重，企業(yè)效益下降，生產(chǎn)經(jīng)營面臨困難。
體制和機制存在障礙
目前，煤炭行業(yè)管理分散到多個部門，缺乏綜合管理與統(tǒng)一協(xié)調(diào)機制，政出多門，企業(yè)難以適從，這些狀況不利于煤炭行業(yè)的整體發(fā)展。當(dāng)前煤炭價格市場化改革還面臨著許多機制和體制的障礙。煤炭企業(yè)的歷史遺留問題多、負擔(dān)重、發(fā)展后勁不足。歷史上形成的企業(yè)辦社會負擔(dān)沉重，分離難度大。煤炭稅費負擔(dān)重的狀況也沒有改變。據(jù)統(tǒng)計，2006年前三季度，全國煤炭企業(yè)累計拖欠職工工資總額8.7億元。
新舊問題交織
煤炭行業(yè)在經(jīng)過了前些年特殊困難后，又經(jīng)歷了近幾年的超常規(guī)發(fā)展，在這樣的背景下，新舊矛盾交織在一起，使問題變得更加復(fù)雜和突出，主要有以下幾點：
一是無序生產(chǎn)問題更加嚴重。有的煤礦甚至是違章違規(guī)生產(chǎn)，以犧牲人的生命、資源的浪費、環(huán)境的破壞作為代價，瘋狂地私挖亂采，為煤礦發(fā)生嚴重事故埋下了安全隱患，致使煤礦重特大事故頻繁發(fā)生。
二是盲目投資問題嚴重。目前，一些地區(qū)和煤礦不顧資源和環(huán)境條件，片面地把煤炭資源開發(fā)作為區(qū)域經(jīng)濟發(fā)展的重點和經(jīng)濟增長點。在煤礦建設(shè)中，有的企業(yè)為了規(guī)避政府監(jiān)管采取了“批小建大”的辦法，進行突擊建設(shè)，有的甚至采取“邊勘探、邊設(shè)計、邊基建、邊生產(chǎn)”的方式盲目建設(shè)，而有的企業(yè)則是為了追求利益最大化超能力、超強度、超定員冒險組織生產(chǎn)。
三是煤炭開發(fā)布局繼續(xù)向生態(tài)環(huán)境脆弱的晉、陜、內(nèi)蒙古地區(qū)集中，區(qū)域生態(tài)環(huán)境問題和煤炭運輸瓶頸制約矛盾越發(fā)突出。
企業(yè)成本壓力加大
2006年是國家出臺煤炭經(jīng)濟政策數(shù)量最多、力度最大的一年，其涉及面廣、政策調(diào)整幅度大，使煤炭成本增支因素增加。這些政策包括國家推行的煤炭資源有償使用制度、煤炭資源稅率提高、正在研究的調(diào)整提高礦產(chǎn)資源補償費征收標(biāo)準(zhǔn)、煤炭出口退稅優(yōu)惠的取消、正在建立的煤礦礦山環(huán)境治理和生態(tài)恢復(fù)責(zé)任機制、國家擬定在山西省建立煤炭可持續(xù)發(fā)展政策措施試點工作等。這些政策的集中出臺，將會使煤炭企業(yè)成本有較大幅度的上升，煤炭行業(yè)虧損企業(yè)將大幅增加。
產(chǎn)能過剩越來越明顯
煤炭固定投資經(jīng)歷五年多的快速增長，煤礦建設(shè)規(guī)模不斷擴大，產(chǎn)能迅速增加。隨著前幾年煤礦建設(shè)陸續(xù)投產(chǎn)，今后幾年生產(chǎn)規(guī)模將集中釋放出來。統(tǒng)計顯示，2001至2006年10月，煤炭選洗業(yè)已經(jīng)完成固定資產(chǎn)投資總額3005億元，投資絕對量比前九個五年計劃時期的投資總和還多555億元。有關(guān)部門統(tǒng)計，目前全國在建煤礦項目為1563個，總規(guī)模6.53億噸，加上改擴建和資源整合，總產(chǎn)能合計約8.3億噸，這已經(jīng)超過煤炭工業(yè)“十一五”規(guī)劃確定的5.8億噸的建設(shè)規(guī)模，現(xiàn)有煤礦生產(chǎn)能力和在建規(guī)模合計已達30億噸，遠遠超過到2010年煤炭需求約25億噸的規(guī)劃目標(biāo)，煤炭產(chǎn)能過剩壓力越來越明顯。