2009年10月月初，集團船舶靠泊和碼頭生產一度受到臺風“莫拉克”影響，福州港務集團完成吞吐量343.97萬噸，超月度計劃近四成，同期比增達35.39%；累計今年前10月完成貨物吞吐量3552.29萬噸，已遠超3000萬噸的年度計劃，同比增長53.1%，預計全年吞吐量將會突破4000萬噸。 　　集裝箱方面，集團10月完成集裝箱吞吐量9.72萬標箱，僅接近完成月度計劃，同比下降1.37%；累計1到10月完成集裝箱吞吐量94.79萬標箱。
　　兩馬航線客運方面，由于空中直航的客源分流影響，進出港95航次，運輸旅客4745人次，同比、環比均呈下降趨勢，預計此趨勢短期內仍將持續。&