貨運(yùn)代理業(yè)的營(yíng)業(yè)稅按照稅法上的規(guī)定，其計(jì)稅依據(jù)確實(shí)是所取得手續(xù)費(fèi)收入。一般來(lái)說(shuō)，代理單位應(yīng)就取得的代理收入開(kāi)具發(fā)票給被代理者，這樣，就可以直接按照發(fā)票收入申報(bào)納稅了。但在實(shí)際中，代理單位為了收回自己代理過(guò)程中支出的費(fèi)用，將這部分費(fèi)用支出一并在發(fā)票中收取，對(duì)此，目前稅收上沒(méi)有考慮這部分支出的扣除問(wèn)題，也就是說(shuō)，稅法規(guī)定不能扣除包括運(yùn)費(fèi)，報(bào)關(guān)費(fèi)，商檢費(fèi)等，還是要按發(fā)票全額征稅。    
　　對(duì)此問(wèn)題的處理我覺(jué)得可以這樣考慮：    
　　1、將一些可以直接開(kāi)給被代理單位的費(fèi)用如運(yùn)費(fèi)，報(bào)關(guān)費(fèi)，商檢費(fèi)等，要求開(kāi)具被代理單位的名稱(chēng)，代理人先墊付，后再轉(zhuǎn)給被代理單位，只就代理費(fèi)等其他收入開(kāi)票。這樣就可以減少部分計(jì)稅依據(jù)。    
　　2、與當(dāng)?shù)刂鞴芏悇?wù)部門(mén)聯(lián)系報(bào)告，要求按差額征稅。有的稅務(wù)部門(mén)可能會(huì)從實(shí)際出發(fā)，幫助納稅人解決問(wèn)題。同時(shí)也會(huì)引起稅務(wù)部門(mén)的重視，也許下次會(huì)重新制定合理的稅收政策。