為深入貫徹“以港興市、江海聯動”總體發展戰略，充分發揮南通港作為國家主樞紐港及上海國際航運中心北翼重要港口作用，加快推進全市現代港口物流業的發展，南通市政府出臺了《關于加快南通港口集裝箱運輸發展的若干意見（試行）》。該意見的出臺，為南通港口在新一輪沿海開發中加快推進港口集裝箱運輸與現代物流業的對接和融合奠定了重要的政策基礎。
　　該意見針對港口集裝箱發展的碼頭、岸線、箱源及口岸環境關鍵環節，制定了四個方面的政策舉措：一是鼓勵碼頭建設，明確優先供地、實行優惠地價、對集裝箱碼頭企業實行稅收獎勵優惠等；二是鼓勵開辟航線，對已有航線與新辟內貿航線實行一次性補貼，對集裝箱碼頭企業采用“包航線”方式新辟國際航線的，在三年培育期內實施財政補貼；三是鼓勵增加箱量，對船公司完成吞吐量達到一定標準即給予獎勵，對貨代公司年度增量的集裝箱進行獎勵，對生產貿易企業利用本港進出增量集裝箱進行獎勵；四是進一步優化口岸環境，通過實行5+2全天候工作制，進一步加快集裝箱通關速度，提高通關質量，培育良好的口岸發展環境。該意見同時還鼓勵集裝箱碼頭企業運用經濟杠桿，積極吸引貨源。