一國兩制研究中心」日前公布「香港跨境鐵路工程定位研究」報告，指出香港國際機場樞紐中心，正受到來自大珠三角國際機場群的正面挑戰。報告認為，港深機場鐵路只有與珠三角城際軌道交通網絡接駁，始能帶來經濟效益和真正的意義，而原先鐵路構思點到點方便兩地機場旅客轉機方式，相信使用人數不會多。 
這份由三名學者撰寫的報告稱，香港機場有效率較高、服務質素較好、通關較便捷的優勢，05至07年貨運方面在大珠三角航空貨運市場占有率雖仍穩守70%以上，但按年微降。廣州白云國際機場和深圳寶安國際機場發展迅速，興建新跑道，并分別招攬聯邦快遞（FedEx）建造貨運中心及美國聯合包裹（UPS）重置泛亞航運轉運中心。而且廣、深機場較近內地貨源、營運成本較便宜，在整體服務水平不斷提升下，獲貨主漸轉選用，使香港機場的龍頭地位受威脅。 
港穗機場客量差距縮小 
客運方面，香港國際機場過去4年在大珠三角的市場占有率不斷下降，與第2位的廣州機場的差距更由05年的20%收窄至去年約14%。報告分析，香港機場目前最大的優勢仍是國際航線數目多，吸引內地旅客來港轉機。但近年北京、上海等機場迅速開拓國際航線，華北和華東的旅客已毋須南下轉機再北行至歐美、日韓。就內地線，京、滬機場的航點遠超香港機場，而華南的旅客亦可選擇發展漸成熟、有內地航點兼較近的廣、深機場，無疑使香港內地航線的份額處下風。報告料香港機場未來的旅客增長潛力主要來自珠三角地區近5000萬生活較富裕的居民。 
港深機場錯位發展 
深圳市日前正式公布的《深圳國家創新型城市總體規劃實施方案》中，深圳方面已對港深機場鐵路項目擬定「2015年通車」的計劃。報告指最初提出港深機場鐵路的概念，當局期望該鐵路能方便兩地機場轉機的旅客，使兩機場在國際和國內航班上做到錯位發展。 
但報告指出，實際兩地機場轉機的旅客不多，靠鐵路運送轉機旅客的效益成疑。據香港機管局的統計數字顯示，2006年旅客利用香港機場的海天碼頭來往深圳福永碼頭的人次只有50萬人，即使這些人次全都是轉機的旅客，亦只占香港機場該年旅客吞吐量的1%。另據特區政府規劃署的《北往南來2007》報告，2007年每日專程來港轉駁其它交通工具的內地旅客數目，約為3100人次，該年的人數則約為112萬人次。假設這些旅客全在港轉機，都只占該年香港機場旅客吞吐量的2%。 
報告還稱，鐵路建成后，香港機場跟深圳機場的競爭將更為激烈，而深圳機場的收益可能較香港機場更大。深圳機場的內地航點較多、班次較密，票價比香港便宜40%以上，越來越多香港旅客從深圳機場前往內地各個城市。 
據港機管局估計，香港居民使用深圳國際機場的人次，正每年以30%的速度增長。此外，深圳機場近年致力發展國內和國際航線業務，著手興建第3條跑道及建造大型貨運區，并接駁穗莞深城際鐵路。報告認為深圳機場不斷加強國內外的客貨運上的發展潛力，根本不用接受「深主內，港主外」的合作模式。 
港人使用深機場年增30% 
報告表示，香港政府推出十大基建，其中連接香港機場和深圳機場的跨境快速鐵路工程，旨在提升本港航空樞紐的地位。鐵路估計造價超過400億港元，擬于2015年通車。報告贊同有關工程能增加香港機場的使用率，但提出自己的看法，認為機場未來并不具有吸引其它內地地區旅客的競爭力，有可能讓更多香港旅客選飛深圳機場。