為充分發(fā)揮張家港保稅區(qū)、保稅物流園區(qū)充分發(fā)揮物流載體效應(yīng)，張家港保稅區(qū)海關(guān)因地制宜，積極發(fā)揮自身作用： 
一、深化業(yè)務(wù)改革，創(chuàng)新監(jiān)管舉措，使物流園區(qū)實現(xiàn)了跳躍發(fā)展的良好勢頭，貨運(yùn)量、貨值在全國保稅物流園區(qū)位居前列，08年11月張家港保稅港區(qū)獲國務(wù)院批復(fù)同意，標(biāo)志著特殊區(qū)域整合發(fā)展進(jìn)入了一個嶄新的階段。
二、首先引導(dǎo)物流差異化。大宗散貨實現(xiàn)了市場集聚以及周邊地區(qū)產(chǎn)業(yè)銜接配套，為“長三角”和中西部吐納物流提供了運(yùn)輸多樣選擇。其次，促進(jìn)貿(mào)易功能的多樣化。拓展轉(zhuǎn)口貿(mào)易、國際采購、分銷和配送、國際中轉(zhuǎn)及區(qū)間轉(zhuǎn)讓等功能。再次，加強(qiáng)臨近區(qū)域的緊密度。通過促成園區(qū)和保稅區(qū)之間的聯(lián)動，第四，針對毗鄰揚(yáng)子江化學(xué)工業(yè)園跨國企業(yè)多、物流量大的特點，挖掘園區(qū)功能優(yōu)勢，為化工園企業(yè)實現(xiàn)零庫存和成品倉儲提供通關(guān)便利。
三、加強(qiáng)與外管、國稅、工商、國檢等部門的聯(lián)系配合。積極實施跨江聯(lián)動、區(qū)港聯(lián)動和區(qū)區(qū)聯(lián)動“三大”聯(lián)動。即通過“屬地申報，口岸驗放”模式，使長江流域的企業(yè)可借助張家港保稅區(qū)物流平臺，借船出海。通過疊加保稅物流功能和港口功能，加強(qiáng)與永嘉碼頭、上海洋山碼頭等港口的快速聯(lián)動，有效地輻射和促進(jìn)區(qū)域物流的快速發(fā)展。進(jìn)一步加強(qiáng)與廈門象嶼保稅區(qū)、昆山出口加工區(qū)等聯(lián)系，開辟物流“綠色通道”。
四、堅持分類指導(dǎo)，實行扶優(yōu)汰劣的方針。對守法經(jīng)營，信譽(yù)良好，發(fā)展前景廣闊的企業(yè)，可享受“提前申報、雙提前申報，集中報關(guān)、快速轉(zhuǎn)關(guān)、加急通關(guān)”等個性化服務(wù)。同時，引導(dǎo)企業(yè)按照“提前申報，貨到驗放”的方式進(jìn)行，降低了企業(yè)成本。改革業(yè)務(wù)流程，推出“F”通道，在不增加現(xiàn)有人員的情況下，重新調(diào)整人力資源配置，重組業(yè)務(wù)流程，優(yōu)化作業(yè)程序，對其中不涉稅、不涉證的單證，實行接放一體作業(yè)，變雙人、雙崗的接單、放行兩個作業(yè)環(huán)節(jié)為放行作業(yè)一個環(huán)節(jié)。推廣便捷審價，推行網(wǎng)上支付。實行“公式定價”，只需在年初向南京海關(guān)進(jìn)行價格備案，以后每票貨物均可按備案單價快速估價，企業(yè)可定期根據(jù)實際情況向海關(guān)補(bǔ)交稅款，此舉極大地方便了企業(yè)繳稅。
五、大膽嘗試新的通關(guān)監(jiān)管模式，為提高對物流倉儲企業(yè)的管理水平，把區(qū)內(nèi)倉儲企業(yè)實施星級分類管理。實施項目專管，建立綠色通道。充分發(fā)揮港口大吞吐量的集散優(yōu)勢，錯位上海港口，發(fā)展液體化工品、集裝箱、件雜貨等特色物流，不斷增強(qiáng)物流集聚效應(yīng)，推進(jìn)快捷轉(zhuǎn)關(guān)，為華東和中西部地區(qū)開辟便捷的物流輸送通道。
據(jù)統(tǒng)計，2008年兩區(qū)共監(jiān)管進(jìn)出口貨物977萬噸，同比增長了4.95%，貨值近121億美元，同比大增13.85%。海關(guān)征收稅款達(dá)創(chuàng)紀(jì)錄的44.7億元，同比增長了9.76%。物流園區(qū)入?yún)^(qū)退稅功能充分發(fā)揮，共簽發(fā)出口退稅聯(lián)15151份，貨值38.2億元，同比增長了83.04%，是增幅最高的一年。