2008年12月，國務院正式批準設立廣西憑祥綜合保稅區。由于保稅區具有保稅倉儲、出口加工和轉口貿易的功能，是我國目前開放度和自由度最大的區域，所以憑祥綜合保稅區的建設是廣西擴大對外開放、實現跨越式發展的一件大事。這對充分發揮廣西地處大湄公河次區域經濟合作區和中越兩國共同構建“兩廊一圈”經濟合作區的區位優勢，帶動邊境加工業發展，打造邊境口岸經濟帶，促進廣西又好又快發展和推動中國與東盟國家經貿合作具有積極而重要的意義。 
　　高起點拓展綜合保稅區功能并兼顧向自由貿易區轉型，確保今后更大促進廣西經濟發展。保稅區對廣西、全國和東盟發展的作用主要靠保稅區的功能來實現，保稅區主要具有“保稅倉儲、出口加工和轉口貿易”三大功能；享有“免證、免稅、保稅”政策；實行“境內關外”運作方式，是中國對外開放程度最高、運作機制最便捷、政策最優惠的經濟區域之一。隨著中國加入世貿組織，保稅區的政策優勢開始面臨挑戰；2007年商務部取消了外資商業企業進入中國的壁壘，這在一定程序上削弱了保稅區特有的國際貿易功能；海關總署對各特殊監管區功能進行整合時又允許在出口加工區內注冊物流企業，這實際上又削弱了保稅區多年所積累的物流運作功能；中國與東盟決定到2010年建成中國－東盟自由貿易區，到時將實行貿易關稅減讓等一系列優惠政策，這又對保稅區提出更大挑戰。所以，在建設保稅區初始就要注重拓展保稅區新功能，高起點高水平運作，以便確保更大發揮保稅區促進作用。
　　當前形勢下建設綜合保稅區，必須借鑒其它保稅區的經驗拓展新功能。上海外高橋保稅區是我國最早于1990年建立的，也是目前全國所有保稅區中經濟總量最大的一個。上海外高橋保稅區已經集國際貿易、出口加工、物流分撥及保稅商品展示等多種功能于一體，是目前上海重要的進出口貿易基地、現代物流產業基地、微電子產業帶的重要組成部分。為了應對當前對保稅區的一些挑戰，上海外高橋保稅區又對區內跨國公司的業務運作模式進行了深入研究，契合跨國公司業務擴張整合、成本控制等方面的內在需求，開發推出一個全新的功能概念，即集產品研發、技術支持、國際貿易、保稅倉儲、市場營銷、維修及售后服務為一體。憑祥市不沿海，但是處于沿邊，綜合保稅區的建設也可以考慮拓展這樣一些新功能。
　　保稅區的主要內容是區內免稅，自由貿易區的主要內容也是減免稅。所以，隨著中國-東盟自由貿易區2010年建成，保稅區的主要功能有可能被削弱。雖然保稅區零關稅的落差還是存在的，但保稅區內外的政策落差一直存在逐漸縮小的趨勢。我國處于沿海地區的15個保稅區正在改革中陸續向自由貿易區轉型。其中一些可以發展為自由貿易區，其余的可根據具體條件和形勢需要而轉為經濟技術開發區、出口加工區或特殊開放區。
　　在保稅區正在深入改革和轉型的形勢下，根據憑祥綜合保稅區自己的條件和需要，即憑祥地處中國-東盟自由貿易區的“前沿地帶”和“橋頭堡”，憑祥屬于廣西北部灣經濟區，憑祥享有廣西民族自治和西部大開發優惠政策等，要根據憑祥綜合保稅區這一系列條件和需要來確定今后的發展方向，并把它納入整體設計中。
　　增強服務意識是推進保稅區各項建設的重要保障。今年是自治區項目建設服務年，憑祥綜合保稅區建設作為重大項目更應搞好各項服務，需要全社會各方面的大力支持和積極推動。
　　政府的服務應側重在政策上給予支持，只有政府在政策上的大力引導，保稅區的建設才能順利進行。除了西部大開發、廣西北部灣經濟區和中國－東盟自由貿易區的相關優惠政策要用足以外，建議自治區、崇左市和憑祥市能否再出臺一些有利于綜合保稅區建設的政策或法規，以便在征用土地、拓展功能、項目施工、銀行融資和人力資源等工作方面有更高的效率。有關部門要全力支持、積極配合。憑祥綜合保稅區的建設涉及到很多部門，如海關、商務、稅務、土地、城管、建設、設計、金融、邊檢、公安、招商、物流等，為了使保稅區的建設又好又快，需要這些部門的大力支持和積極配合。而要做到這一點，需要政府出面予以動員和協調�？傊�，要充分認識到建設憑祥綜合保稅區的重大意義，對本地區發展會有巨大促進作用，以便對保稅區建設給予大力的支持。