臺灣工商時報報道，在第三次江陳會談預備性磋商舉行之前傳出，由于大陸方面要求于北方航線先增畫航路及解除南方航路禁飛限制，使得兩岸客運包機增班進度延遲。據了解，原本定期航班是雙方既有共識，難度不高，但大陸方面此一要求，恐將影響7月兩岸定期航線的開辦。 
 有關人士透露，中國民航總局臺辦主任浦照洲3月27日曾經來臺，就客運包機增班進行協商，大陸方面以現有航路太擁擠，其航管單位吃不消為理由，要求臺灣先增開北方航路，并解除南方航路需繞經香港的限制，由于事涉臺灣安全單位權責，預料將會影響后續談判進度。 
 臺方原本希望在7月份兩定期航線開辦前，能就現有兩岸客運包機辦理增班，稍早與清明加班機議題，一并向對岸提出協商要求，浦照洲與民航總局相關官員3月底來臺進行協商時指出，兩岸增班前應先解決航路問題，目前兩岸北航路都從東山(BR576) 即上海飛航情報區進出，南航路都從香港進出，已經讓其航管單位難以負擔。 
 據了解，臺灣方面認為兩岸航班不多，不應該有航路擁擠問題，但是對方指出經過東山與香港飛航管制區的還有其他非兩岸航班，希望臺灣能夠另外多劃一條航路，并找個新的銜接點進出，臺灣官員則指出臺灣空域很小，要另外劃一條航路并不容易。 
 有關人士指出，從北航路來看，兩岸中間臺灣有3個軍事管制區，往北走舟山一帶就是大陸的軍事管制區，能夠再劃一條航路的空間不多；至于南方航路不繞經香港飛航情報區，是去年兩岸空運協商時對方就提出的要求，臺灣安全單位不同意，才會繼續繞經香港，多出10多分鐘航程，這些問題都需要與臺灣安全單位協商才能解決。 
 另外兩岸預定7月開始的定期航班，估計因為航路問題也很可能延遲實現，而且在大陸方面開放的21個航點當中，哪些航點列為定期航線航點，哪些繼續列為包機航點，雙方也需要逐一討論解決，臺灣考慮定期航班客機機腹才能載貨，是希望定期航點越多越好。 
 另外像上海這樣的“鉆石”航點，每家航空公司都搶著要，臺灣國際航權分配辦法原是一個航點以兩家為限，上海航點是否列為特殊航點開放多家飛行，也將是雙方民航單位棘手的問題之一。