高雄港啟動應變機制防范H1N1病毒侵入，防止疫病擴大，已制定各項因應措施，加以防范作業。 
措施包括：一、成立緊急應變小組。二、設置因應疫情之獨立通關處理場所。三、接獲輪船公司或船務代理公司通報發現船員或旅客有發燒現象（低于攝氏37.5度）且由流感流行地區入境者，將立即啟動高雄港衛生安全工作小組機制，盡速安排送至醫院隔離就醫。四、依據美國疾病管制中心建議，加強個人健康習慣的宣導：（一）避免近距離接觸病人，若自己生病應與他人保持距離。（二）生病應盡可能待在家中，避免傳染給別人。（三）戴口罩。（四）常洗手。（五）避免碰觸眼睛及口鼻。（六）充分休息、多運動、補充水分及進食營養食物。 
另方面，對港口加強防疫，視疫情狀況將商請動植物檢疫局、高雄關稅局、海巡署、港警局、港務消防隊等駐該港的檢查單位協助防疫。