南沙保稅港區兼有“港”和“區”的雙重特性，廣州海關將量身定做監管模式，服務南沙保稅港區發展。同時根據南沙保稅港區的實際特點，秉承嚴密監管和高效運作相統一的監管理念，依托現代科學技術手段，將保稅港區中的港區作業、物流園區與出口加工區三個功能區作為一個有機整體進行監管，實行信息化、封閉化、集約化管理，努力實現最大限度簡化通關手續、提高通關效率、確保物流暢通的監管目標。 
　　通過六個統一，打造南沙保稅港區海關監管新模式。一是建立統一的海關監管機構和統一配備人員；二是建立統一的南沙保稅港區視頻音頻監控中心；三是建立統一的南沙保稅港區大卡口；四是開發統一的南沙保稅港區一體化通關監管系統；五是建立統一的南沙保稅港區集中查驗中心；六是建立統一的南沙保稅港區電子底賬。
　　通過上述六個統一，進一步推動保稅物流和保稅加工管理的無縫對接，努力為企業創造一個守法便利、統一規范、快捷高效、共同發展的良性經濟環境。
　　廣州海關將全方位地簡化南沙保稅港區貨物進出境手續，對在保稅港區內進行保稅倉儲、配送、分撥和加工的貨物，凡屬保稅港區和境外之間進出的，除國家法律法規明確需辦理申報手續的外，實行電子報備管理；出口貨物入區即可簽發出口退稅證明；區內貨物可以進行的儲存、分撥、展示、組裝、制造加工等自由流動，企業只需向海關傳送有關貨物的電子信息，改變了以往區內貨物流轉向海關申報的管理方式，體現了區內貨物自由流轉的管理原則，也有利于促進保稅港區內保稅加工和保稅物流的協調發展；對在保稅港區內從事保稅加工業務的企業，不實行保證金臺賬制度，海關通過以查代核的形式來實現對區內企業保稅貨物的實時管理和動態服務。