產能的非理性擴張也暴露出一些船企在船廠設計、建設方面的短板，其嚴重程度同樣令人擔憂。據一位江蘇大型骨干船企的負責人介紹，有些新興船企的自身建設存在很大的質量問題。很多船企的建設事項都由老板說了算，基建圖紙被隨意改動，建設費用被不斷壓縮，有的需要十幾億元投資的工程最后僅用幾億元就“建成”了。結果，塢底板不夠厚、承重樁基不夠堅固、造船生產線布局混亂等問題就隨之產生。眾所周知，國內大型船企改造或者擴建的目的是為了改變硬件布局混亂的現狀，打造暢通的造船流程，建立全新的造船模式。就此方面而言，這些新興船企不是在前進，而是在倒退。
在管理方面，新興船企同樣問題多多。據一位船企副總介紹，該廠的人才隊伍是“多國部隊”，除老板以外的中高層管理成員有來自民營大型船廠的，有來自國有船廠的，還有來自新加坡船廠的。建廠至今，大家帶來的多元管理理念和方式很難有效融合，結果該廠首制船以外的其他在建船舶全部脫期。儀征船舶工業辦公室主任張俊也指出：“有些船企甚至沒有脫離家族式管理和小作坊式的生產模式，受此影響，企業留不住外聘的負責造船的管理人才，管理隊伍十分不穩定。另外，還有一些船企由于管理混亂，盡管有基礎設施和硬件，但造不出來船，甚至有船企因管理乏力而破產�！�
造船企業發展過快，而專業的管理人才數量幾乎沒有實質性增加，于是船企之間高薪互挖墻腳的現象非常普遍，很多挖別人墻腳的船企，轉眼間又會成為被挖的對象。對于船企而言，現代化的管理和造船模式離不開相對穩定的管理、設計以及一線生產的團隊。如果人才流動過于頻繁，那么船企的管理和生產就無法走向正軌。