二季度，我國港口生產實現小幅增長，大宗貨物運輸明顯升溫，集裝箱吞吐量雖然仍在下降，但出現企穩跡象。其中，規模以上港口完成貨物吞吐量32.7億噸，同比增長2.6%，增幅比第一季度明顯增大。受外貿礦石、原油以及內貿煤炭、礦建材料等運輸拉動，港口貨物吞吐量增速逐月增多，已連續4個月保持增長，其中內貿吞吐量增速顯著多于外貿。
從貨類看，第二季度我國規模以上港口煤炭和制品吞吐量為6.1億噸，同比下降6.6%，但降幅比第一季度小6.6個百分點，受國內外煤炭價格倒掛等因素影響，4月～6月煤炭外貿進港吞吐量分別增長2.2倍、2.8倍和4.2倍；第二季度，完成原油吞吐量1.6億元，同比增長6.9%，增速比第一季度加快8.5個百分點。進入4月份以后，隨著我國煉廠陸續開工，原油外貿進口量急劇增大，4月～6月份的外貿進口吞吐量均超過1600萬噸，達到歷史最高水平。第二季度，完成鐵礦石吞吐量5.0億噸，同比增長14.4%，增幅比第一季度提高2.6個百分點，其中外貿進港吞吐量連續4個月出現20%以上的快速增長，主要是國際鐵礦石價格大幅下跌使鐵礦石進口現貨價低于長協價，加之投資拉動基礎設施建設帶動了建筑鋼材需求快速回暖，上半年的外貿鐵礦石進港量已接近2006年全年水平。第二季度，完成集裝箱吞吐量5597萬標箱，同比下降11%，降幅比第一季度下降1.3個百分點，在經歷了2月份的低點后，出現降幅收窄的企穩跡象。內貿集裝箱吞吐量在經歷了連續4個月的下降后于5月份重新恢復增長，受外需影響，外貿集裝箱吞吐量延續了2008個第四季度以來的負增長，但降幅呈現波動減小趨勢。
第二季度，國際干散貨運價大幅反彈，但國際國內集裝箱、原油運價仍持續低迷。波羅的海干散貨運價指數自2008個中期12000點左右高點降至年底663點后，受上半年我國鐵礦石、煤炭進口量大增等因素影響，運價大幅反彈，5月初重回2000點以上，6月3日達4291點，之后回調至3700點左右。受運輸需求不旺、動力供大于求影響，國際原油和集裝箱、國內沿海散貨和出口集裝箱的運價仍舊低迷。