為順應青藏鐵路那曲物流中心開通運營的需要，努力把物流中心打造成為規模、質量、標準、效率一流的高原運輸業基地，實現好青藏鐵路“兩個最大限度”的根本要求，經鐵道部批準，青藏鐵路公司研究決定將那曲站調整為公司運輸業直屬單位，自2009年8月1日起正式開通運營。 
 那曲站原隸屬格爾木車務段。近期，青藏公司結合格拉段運輸生產實際，重新對拉薩辦事處（拉薩站）、那曲站、格爾木車務段的管界進行了劃分，將古露、桑雄、妥如、崗秀、底吾瑪、聯通河、錯那湖、托居、扎加藏布、唐古拉南10個無人車站和那曲、安多2個有人車站共12個車站劃歸新那曲站管理，并按二級管理模式設置直接負責管理班組。
 日前，新那曲站領導班子已成立，車站工作架構和人員、資產及職責確立，并從顧大局、保安全、保穩定出發，積極做好管界劃分和生產布局調整后的各項工作。