1996年正式對外開放，首個完整統計年（1997年）完成全港貨物吞吐量不足400萬噸。起步晚，規模小，又置身于競爭激烈的長三角港口群，是常熟港在建港之初就不得不面對現實。然而，這些卻并未阻擋他們逐夢“億噸大港”的腳步。 　　十三年來，常熟港始終堅持“可持續發展、和諧發展、錯位發展、有序發展”的理念，與周邊港口保持著競爭與互補相結合的錯位發展關系，并逐步尋找到適合自身發展的科學定位：成為上海國際航運中心的組合港、集裝箱支線港，長三角區域重要中轉港，地方工業配套港，具有現代物流特征的綜合性中型港口。2008年，全港完成吞吐量4020噸，是開港初的11倍。預計2009年全年吞吐量可達4300萬噸、集裝箱吞吐量32萬標箱。
　　與此同時，常熟港實行內、外貿并舉，集裝箱、件雜貨并重的發展策略，重點發展件雜貨、建立以紙漿、鋼材、木材為主要外貿貨種的多元化貨種結構；保持了鋼材、紙漿長三角區域重要中轉港和華東地區集散基地的地位。2009年上半年，常熟港進口紙漿103萬噸，首次超越上海港成為華東地區最大的紙漿進口港。在特色貨種地位的穩固的同時，港口還積極開辟特色貨種的綠色通道，確�？焖偻�關，協助碼頭單位加強設備維護、技術革新、優化操作工藝、不斷提高裝卸效率和質量。2009年還創下了單日卸新西蘭原木6800萬方、單日卸鋼坯24000噸的新紀錄。
　　為順應外向型經濟的發展需要，常熟積極增開航線，拓展貨源，內外貿航線航班不斷增加。截止目前，常熟港已開通歐洲、每周、中東及東南亞近、遠洋雜貨航線11條，內外貿集裝箱班輪航線33條，已于53國家和地區的255個國際港口實現了通航通商，常熟港的國際知名度進一步提高。