2009年,國際金融危機肆虐,深圳海港、空港經濟受到嚴重影響,但港航業、航空業克服重重困難,采取積極措施,1月至12月,深圳海港、空港經濟形勢回暖跡象日益顯現,主要指標繼續回升,累計降幅進一步收窄, 2009年港口貨物吞吐量累計降幅連續10個月收窄，12月累計降幅首次降為個位數；機場貨郵吞吐量累計降幅逐月遞減，12月累計由負轉正，總體態勢積極向好。 
港口貨物吞吐量降幅放緩
2009年1月至12月,深圳港貨物吞吐量19364.99萬噸,與上年同比下降8.33%,降幅較前11個月累計放緩2.30個百分點,其中,集裝箱吞吐量1825.02萬標準箱,同比下降14.78%,降幅較前11個月累計收窄1.64個百分點。1月至12月,深圳港旅客吞吐量累計288.30萬人次,同比下降19.66%,降幅較前11個月累計收窄1.39個百分點。
深圳港貨物吞吐量2009年2月降幅達23.47%，為全年最大，但累計降幅( 8.33%)已連續10個月收窄，且全年累計降幅首次放緩到個位數;集裝箱吞吐量自2008年9月份起,已連續16個月同比下降,但降幅繼續企穩、收窄,下滑態勢趨穩,逐季向好;重、空集裝箱吞吐量降幅逐月同步減少,兩者差距縮小(由1月份的17.42個百分點縮減至1月至12月的0.57個百分點)。
此外,深圳港國際集裝箱班輪航線數量保持相對穩定,至2009年底,已由一季度末的177條回升到182條(美、歐航線減少,亞、澳航線增加);內貿貨量占全港總量比重上升,內貿貨量累計降幅亦明顯低于外貿,內貿下降1.28%,外貿下降16.3%;招商港務、海星碼頭散雜貨成為深圳港最大亮點,其中招商港務累計增幅自一季度的0.73%提升至當前的9%,海星碼頭散雜貨2009年11月起亦由負轉正(增幅為4.3%);旅客吞吐量仍萎縮,蛇口客運碼頭下降14.75%,福永客運碼頭降幅高達49.86%,但累計降幅較上月繼續放緩。
港口內貿運輸業務得到拓展
國際金融危機影響仍未消除,外貿依存度高的深圳港所受到的沖擊依然巨大。面對危機和挑戰,深圳市政府進一步優化港航政策、完善發展環境,繼續實施《深圳港航產業發展財政資助資金管理辦法》及配套實施細則,加快落實促進港航發展的財政資助政策,實施《深圳市關于支持物流企業應對金融危機的專項資金措施》,增加資助項目,提高資助標準,鼓勵內貿集裝箱運輸、兩岸直航、貨代經營人及深圳籍船舶業務發展;進一步優化港口運輸結構,支持和吸引更多國內外知名班輪公司進駐深圳港,把握外貿新熱點,開發至地中海、中東、拉美、非洲等地新航線。
深圳港還不斷拓展內貿運輸業務,繼續拓展國際中轉業務;積極實施“珠江戰略”,全力推進江海聯運,發展華南公共駁船快線;繼續推進海鐵聯運,積極打造“內陸港”;落實交通物流企業大走訪活動,積極為港航企業排憂解難;大力推進港口走綠色環保發展道路,達到節能增效目的。
機場貨郵吞吐量由負轉正
2009年1月至12月,深圳機場貨郵吞吐量60.54萬噸,與上年同比增長1.25%,全年首次由負轉正；機場旅客吞吐量2448.64萬人次，同比增長14.42%,持續逆勢上揚。
深圳機場貨郵吞吐量2009年1月降幅達35.00%，為全年最大，但累計降幅逐月收窄，12月累計同比已由負轉正；機場旅客吞吐量由于深圳機場主要以國內航線旅客運輸為主（占總量的96.9%），受國際航空市場萎縮影響不大，全年逆勢持續上揚。
機場旅客吞吐量高位平穩運行
深圳機場旅客吞吐量持續逆勢上揚，保持高位平穩運行，主要原因有：機場以國內航線旅客運輸為主（占總量的96.9%），受國際航空市場萎縮影響不大；民航局對機場空域容量的限制有一定放松，機場日航班起降架次得到了提高，加之機場加開“紅眼”國際航班，以價格優勢贏得更多旅客青睞；各大航空公司通過優化調整航線、更換大型機、增加飛機投放，旅客航空出行運力得到了充分保障；及時抓住內地城市開放香港自由行及臺灣直航的契機，推出“經深飛”項目，成為機場客流新增長點，效果正逐步顯現，往來兩岸的旅客數量亦持續提升；機場繼續在周邊多個城市開設異地候機樓和城際快線，取得了良好成效；各航空公司在淡季采取票價優惠策略，出行成本的降低在一定程度上激發了旅客選擇飛機出行的熱情。
在全球金融危機影響仍未觸底，甲型H1N1流感疫情還在流行，我國經濟所受影響持續的情況下，深圳市政府積極落實《深圳市關于支持物流企業應對金融危機的專項資金措施》，幫助航空公司、航空貨代企業度過難關，增強航空企業立足深圳發展的信心；繼續開展 “經深飛”、異地候機樓（如：機場灣仔、東莞塘廈分別于8月12日、9月23日正式啟用，機場珠海拱北口岸、吉大汽車站城市候機樓亦于10月19日同時開通）、城際快線及本市候機樓（如：位于福田交通綜合樞紐的機場首個市內候機樓于7月1日正式啟用，機場羅湖口岸（僑社）候機樓亦于11月6日投入使用）等客運業務項目，加強機場中轉功能，延伸服務區域范圍，并加大宣傳推廣力度；增加深圳至臺灣的兩岸直航航班，由包機航班轉為定期航班，滿足海峽兩岸客貨直航需求；繼續著力拓展拉美、俄羅斯、中東和印度等新興地區的國際航空業務；積極協調推進UPS亞洲轉運中心項目，深化深港機場業務合作，做好順豐等航空公司落戶深圳工作，支持航空業總部經濟發展，保障深圳機場可持續發展。