這里既是萬噸級海輪進江的終點，又是內河轉運的起點；鐵路、公路、水路、航空、管道等五種運輸方式在這里交匯，區位優勢無可比擬；這里長江南岸98公里與北岸110公里跨江岸線遙相呼應，港口跨江跨市發展格局絕無僅有…… 　　南京港以全新的理念，全新的視角和姿態邁過“十一五”。
　　調整港區功能 確定“集中連片”式發展格局
　　“‘十一五’期，調整港區功能，加強集裝箱、礦石、煤炭、化工品等專業碼頭建設是南京港口建設的‘主調’�！蹦暇┦懈劭诠芾砭忠巹澨幪庨L張輝表示，2006年，《南京港總體規劃》“出爐”，對南京港來說是一個全新的起點，確定了四大功能及十四大港區“大橋上下、集中連片”的發展格局。
　　規劃中包括了長江大橋以下實現江海轉運功能的新生圩、龍潭、西壩、儀征、馬渡港區；長江大橋以上實現江內轉運功能的浦口、七壩、銅井港區；與南京工業基地布局相統一的大廠、棲霞、板橋臨港工業港區；為城市物資運輸服務的梅子洲、下關、上元門港區。
　　據統計，“十一五”期，完成港口碼頭建設投資65億元，重點推進龍潭、西壩、銅井、七壩等公用新港區的建設，建成龍潭港區二期和五期通用泊位、龍潭港區三期和西壩港區二期散貨泊位、西壩港區一期和新生圩液體化工泊位等，新增生產性泊位37個，“十一五”末年總通過能力將達1.85億噸。
　　經過5年的發展，南京已初步完成新生圩港區功能調整、儀征港區貨物運輸重心轉變、下關港區城市生活功能改造，續建龍潭港區并全面啟動西壩、銅井、七壩港區的開發建設。南京港在長江三角洲港口群當中的樞紐作用將進一步加強，對地區經濟發展的促進作用更加顯著。
　　南京港初步構建了港區功能明確、各有側重的發展框架，港城協調發展，各類貨種的大型專業化碼頭比例提高，能源、原材料、集裝箱等重要物資運輸功能得到強化，港口結構得到優化，基本適應運輸需求，實現南京港快速、協調、可持續發展。
　　適應產業需求 “大縱深”帶動“大吞吐”
　　帶著全國億噸大港的身份，南京港步入“十一五”期后，吞吐量穩步上升。2007年，該港邁入百萬標箱行列。2010年，該港貨物吞吐量將達1.4億噸，集裝箱吞吐量將達140萬標箱。在港口貨物吞吐量中，六成是為南京及江蘇地區經濟發展服務，四成是為長江流域其他地區及中西部地區服務。集裝箱吞吐的65%貨源來自南京及周邊地區，35%來自安徽、江西、河南等地區。
　　經過“十一五”發展，南京已成為長江三角洲及長江流域貨物集散、江海換裝、水陸中轉的多功能江海型樞紐港，初步形成以能源化工、外貿、集裝箱為主，功能較齊全的大型綜合港的經營格局。
　　而在這些背后，是南京港發展理念的全新轉變。
　　南京是我國重要的石化、電子和汽車制造業基地，周邊地區是我國外貿加工業基地，在產業布局上有著相對較大的優勢，特別是南京的石油化工、電子信息、汽車、鋼鐵、電力五大主導產業沿江布局，這對港口發展提供了很好的支撐，同時也提出了更高的要求。
　　2005年，江蘇省委省政府確立建設“五個中心”的城市定位，建設南京長江國際航運物流中心，加快形成國際性、多功能、綜合型江海轉運主樞紐港，搶占長江航運物流第一樞紐的地位。
　　進入“十一五”期的南京港，將發展大計放在大的產業鏈中來思考，放在國際國內大市場中來研究，放在南京都市圈中來定位，放在流域經濟中來把握，放在本世紀前20年的戰略機遇中來發展。
　　“港口運輸必須和腹地產業發展、市場空間有機結合起來，根據產業需求，加快運能提升，形成大市場、大縱深、大吞吐格局�！睆堓x表示，“十一五”期，南京港實施區港聯動，重點推進龍潭、西壩、銅井三大新港區的建設，將龍潭港區建成為長江最大的集裝箱及外貿散雜貨港區，整合保稅物流園區的政策優勢和港區的區位及資源優勢，形成保稅區與港區的良性互動發展；建設西壩港區，以國家級南京化學工業園為依托，帶動江北能源化工物流基地建設和臨港工業發展；建設銅井港區，以江寧濱江開發區為依托，推動沿江產業帶的發展。
　　在符合南京港口規劃的前提下，該港充分發揮政府引導和市場機制作用，以資本為紐帶，廣結戰略聯盟，重點吸引國內外知名航運企業、港口企業、大客戶等參與港口的建設和運營，加大現有資本集聚放大效應，實現港口投資主體多元化。鼓勵成片開發建設公用港區，發揮專業碼頭優勢，增強發展活力，提升港口綜合競爭力。
　　五位一體 打造長江航運物流中心
　　2010年，《長江三角洲地區區域規劃》的出臺明確提出了建設南京長江航運物流中心的要求，南京港的戰略地位進一步提升。而長江12.5米深水航道延伸至南京，為南京港實現長江流域國際性、多功能、綜合型江海轉運主樞紐港和長江航運物流中心的戰略目標插上了騰飛的“翅膀”。
　　記者從南京市港口管理局了解到，“十二五”期，南京港將積極打造長江航運物流中心，大力發展臨港工業，推進深水航道建設，優化港口發展環境，加快新港區建設，努力推進港口、物流、產業、園區、城市五位一體的互動發展。
　　“十二五”期，南京港口建設投入將達70億元，重點推進龍潭、西壩、七壩、銅井等四大公用港區專業化碼頭建設，建成龍潭和西壩兩大核心港區。到2015年，港口貨物吞吐量將達3億噸，集裝箱吞吐量將達300萬標箱。
　　同時，加快龍潭江海轉運主樞紐核心港區建設，規劃建設占地10.5平方公里的龍潭物流基地，其中包括占地3平方公里的龍潭港保稅物流中心，建設龍潭新城“四橫九縱”主干路網和疏港公路，完善以港口為節點的公鐵水集疏運體系，實現港口物流的“無縫銜接”。
　　依托南京交通樞紐優勢和龍潭、西壩港區等重點港站場，加快推進物流集聚區建設。重點打造龍潭綜合物流、西壩化工物流、七壩金屬建材物流和濱江物流四大園區。
　　加快推進大型港口企業戰略性改制重組和項目合作，推動港港、港航、港鐵等形成合作聯盟，打造長江流域最具活力的長江集裝箱運輸中轉港、煤炭運輸樞紐港、鐵礦石運輸重點港、石化運輸定點港和汽車滾裝運輸核心港五大功能港。同時，發揮南京港上市公司的平臺作用，以南京港為主體，以南京都市圈為核心，以資本為紐帶，構架南京都市圈組合港發展的總體框架。