在09年外需不景氣的情況下，海關在南沙港共監管外貿集裝箱36萬箱，逆市同比增長31.4%。  　　去年才開關的南沙海關為南沙港特別打造一套服務措施，如實行“5+2”工作制、24小時預約通關等，大大提高通關效率，節省物流成本；與檢驗檢疫實行聯合查驗、信息共享，進一步簡化通關流程，共同提高口岸通關效率，打造大港口、大物流。 
　　南沙海關關長張躍民介紹，推進出口貨物分類通關改革，對低風險的貨物實行計算機審核，快速放行，對高風險的貨物實行人工重點審核。改革后平均通關時間縮短為6.74小時，對占報關單總數70%以上的低風險企業和商品實施快速放行，從報關到放行在數秒鐘內完成。 
　　南沙海關成立后，通過開展不涉及出口許可證件、出口關稅、知識產權和出口退稅的零擔拼柜出口業務，扶持小商品出口，幫助企業開拓新興市場。 
　　珠三角是小商品的重要生產基地之一，出口貨物中不少都零擔貨物。開通零擔拼柜出口業務，允許幾批零擔貨物共享集裝箱裝運出口，大大降低企業的物流成本。以往，許多企業都將小商品運往義烏一帶交易。現在此項業務逐漸吸引周邊的企業來此報關出口。自09年4月7日開展該項業務以來，2009年南沙新港共辦理零擔拼柜出口業務1.4萬票，出口集裝箱1.6萬個，貨值約2.2億美元，增長迅猛。