2009年，鐵路成為擴大投資首屈一指的重點，完成基本建設同比增長79%，達到6000億元的空前規模，一年超過“九五”和“十五”期間鐵路建設投資總和。鐵道部新聞發言人王勇平近日在接受媒體采訪時表示，到2012年底中國鐵路運營里程將達到11萬公里，其中1.3萬公里是高速鐵路。如此大規模的投資額，如此大比例的高鐵建設，業內質疑的聲音一直不絕于耳。
　　資本隱憂目前我國鐵路正處于大發展的歷史機遇期，但在投融資方面仍存在著投資主體單一。長期以來，鐵路發展始終主要靠中央政府的投入，民間資本難以大規模進入。
　　2004年以來，鐵道部債務資金占其投入鐵路基本建設資金的比例快速增加，已由2004年的25%呈現出翻番式增長。而且有繼續上升趨勢。按鐵道部投資比例84%測算，到2012年完成在建項目需要鐵道部投資約2.3萬億元。據估計，2008年到2012年，鐵道部能用于基本建設投資的權益性資金約為4200億元，需要新舉債約1.85萬億元，加上已有的負債，預計到2012年在建項目完成時，鐵道部負債總規模將接近2.5萬億元。
　　北京交通大學教授趙堅認為，大規模修建高速鐵路，將形成“鐵貸危機”。
　　據悉，中國鐵路的決策者已經從更為開闊的視野來考慮鐵路的投融資體制了，特別是對債務融資的風險問題早有考慮。有消息稱，中國鐵路的負債尚不足30%；到2020年，中國鐵路的負債只有49%，尚不足50%；未來十幾年中，初期負債會出現上揚，2017年負債率將達到50%的頂峰，越過峰值后將一路下滑，不斷減少。
　　而世界銀行對全球范圍內經濟活動的研究認為，企業的負債率60%為警戒線，中國鐵路的負債水平達到這個警戒線尚有10個百分點之距離。
　　負債是否合理，警戒線是否破位，將直接關系到中國鐵路可持續發展。
　　效益之憂由普通客車0.15元/公里上升到高鐵0.5元/公里，乘坐率嚴重不足，近來部分線路的高速客車已經停止運營，并引發了業內熱議。
　　有專家稱，目前新建的一些客運專線以及城際軌道交通線路，往往脫離發展階段而追求現代化和高速度，紛紛將原本設計的200公里/小時調到350公里/小時乃至380公里/小時，投資成本成倍攀升，大大增加了未來運營財務壓力。
　　中國鐵路擔負了國民經濟運輸生命線的重任，全國煤炭運輸量的75%、礦石的66%、鋼鐵的62%、糧食的56%由鐵路完成。鐵路貨物運力的90%用于上述國家重點物資運輸，而這些物資的運價相當低廉，目前和未來很長一段時間還不可能享受高鐵建設帶來的高速度運營。
　　趙堅說，修一條高速鐵路的成本，幾乎可以修建三條普通鐵路。
　　普通鐵路，承載著大量的客流和幾乎所有的貨物運輸，投入產出之比十分明顯。
　　“在速度上，一些發達國家至少在十幾年之前，就已經掌握了400公里甚至更高時速的技術，但沒有一個國家把運營時速調到這么高。
　　這是為什么？”國家發改委綜合運輸研究所研究員劉斌在接受在接受媒體采訪時問道。
　　劉斌說，鐵路的速度越高，成本會急速上升。鐵路要有一個合理的經濟速度，才能適合市場需求、運營成本與乘客和物流的承受能力。
　　物流困局高鐵建設，無可避免地將與普通鐵路搶奪建設資金、線路資源，影響最大的將是貨物運輸。
　　中鐵建鐵道第四勘察設計院副總工程師許克亮說，隨著多條高速鐵路客運專線開通運營，既有鐵路可以實現客貨分線，貨運能力將極大地釋放。這將有效緩解鐵路對煤炭、石油、糧食等重點物資運輸的瓶頸制約，提高貨主的請車滿足率。但實際情況并非樂觀。
　　鐵路貨運，因其經濟性和大運量，一直是中國物流的主要運載方式。除了國家重點物資的運輸之外，社會物流，包括多式聯運與鐵路的對接，近些年來都受制于鐵路運力的制約，僅能滿足實際需求的1/
　　4。據悉，除上海、昆明已建成外，鐵道部還將在青島、鄭州等16個地區建設鐵路集裝箱物流中心。發達國家集裝箱鐵路運輸占全國鐵路貨運量的30%至50%，而我國集裝箱鐵路發運量不到5%。有消息稱，目前我國已建成的集裝箱物流中心，由于缺乏同公路、航空等運輸方式的良好銜接，經營狀況并不理想。
　　目前，高鐵的貨運難題依然難解，物流的多式聯運還將受到鐵路貨運無法重載化和高速度的制約，預計將在很長一段時間內，我國的鐵路貨運，還很難實現高鐵速度的快捷便利。