主要問題 　　所屬規劃研究院套取和挪用項目資金2775.91萬元，主要用于發放獎金、福利或其他項目等。
　　代征代管單位欠繳港口建設費12.85億元。
　　所屬部分海事局存在的問題：
　　1．2009年，黑龍江海事局所屬黑河海事局用虛假發票列支辦公樓維修工程款35.78萬元。
　　2．長江海事局所屬長江蕪湖通信管理局，在2008年申報搬遷工程房屋購置項目預算時，未如實上報有關地方已向其支付拆遷補償款的情況，又從港口建設費中套取拆遷補償款260.06萬元，尚未使用；所屬長江引航中心在2009年將已完工項目當作在建項目申報，獲得港口建設費818.62萬元，用于沖減以前年度建房支出。
　　3．2008年，天津海事局大連航標處未將取得的服務收入152.13萬元納入法定賬簿核算，全部用于發放職工獎金等。
　　整改情況
　　對代征代管單位欠繳港口建設費的問題，已與財政部聯合提請對港口建設費的相關政策進行調整和完善。對規劃研究院套取資金在法定賬簿外核算的問題，已組成調查組立案調查，對有關責任人作了免職處理。