兩岸ECFA正式啟動，但是市場運價未升反跌，臺灣─上海航線再次出現零運費，甚至有船公司連緊急油料附加費(EDS)與貨柜場作業費(THC)都打五到八折，其它港口運價也都下滑。相關業者指出，7月中陽明海運與臺灣航業聯營的兩岸航線加派2艘船，上周末長榮海運包大陸中誠海運艙位開新華東航線，福建東方海運傳出10月中將透過包租艙位給正利航業都是運價崩跌的主因。
    兩岸貨柜定期航線在2008年12月中從兩岸間接定期航線變更為兩岸直航航線時，當時上海線就曾出現零運費，青島線也曾經一度打入零運費。后經兩岸船東協調會，開始收每小柜(20尺)約30美元的運費，今年第二季上海線運價一度回升到每小柜100美元運價，但是7月中陽明、臺航獲準加派船舶后運價立刻暴跌。本周長榮新華東航線開航，已經是零運費的上海線，有船公司將每小柜1,200元人民幣的EBS與470元人民幣的THC開始打折計收。
    兩岸貨柜定期航線從1997年香港志曉航運率先開辟至今，包括志曉在內已經多家公司被迫退出，臺航在2008年也曾經因為運費過低不敷成本一度退出。這次的運費大戰，業界人士分析，純經營兩岸航線的船公司會非常辛苦，但是像陽明、長榮這樣的公司，主要是利用兩岸航線將大陸貨載透過臺灣港口轉船，影響不大。另一方面貨柜永遠不足的中國大陸市場，需要將空柜運進大陸，能夠利用兩岸航線順道裝載貨物，就可降低運送成本。