明年5月1日以前，金陵船廠最后一個直排長江的污水口將正式關閉，這標志著南京上元門取水點附近所有企業的污水將直接并入南京城市的污水管網，不再直排入長江。 
位于長江岸邊的金陵船廠本身有三個排水口，工廠內的生活污水基本上都是直接排入長江，而這些排水口均處于南京的二類水源地范圍內。金陵船廠的雨污分流工程自籌資金800余萬元，在廠區中鋪設了兩公里的雨污分流管道，以實現和市政管網的“無縫對接”。記者在該廠內看到，原先三個污水排放口，已經有一個被關閉，剩余的兩個也將分別在今年年底前和明年5月1日前關閉。
南京市環境綜合整治指揮部表示，目前上元門附近的十多家企業已經分別各自實施了企業的雨污分流工程，與主城的污水管網連通，這些企業的污水將全部進入城北污水處理廠進行處理。