根據“十二五”規劃，廈門港將形成“環兩灣轄十區”的總體發展格局，至2015年全港貨運吞吐量將達2億噸。  　　“環兩灣轄十區”即指廈門港將環廈門灣、東山灣兩灣發展，由東渡、海滄、翔安、招銀、后石、石碼、古雷、東山、云霄和詔安等10個港區組成。預計全港可形成碼頭岸線84.5公里，陸地域面積7565萬平方米（不含臨港工業區），可建設各類生產性泊位337個，其中深水泊位248個，形成通過能力6億噸以上。 
　　根據規劃預測，至2015年，全港貨運吞吐量可達2億噸，其中外貿量1億噸，集裝箱吞吐量800萬至1000萬標箱。到2020年，全港吞吐量達2.7億至2.8億噸，其中外貿量1.5億噸，集裝箱量超1100萬標箱，力爭實現1500萬標箱。廈門港將重點推進北部翔安、南部古雷兩大深水港區建設，引導并服務城市和產業布局優化調整。