對于出口日本的企業來說，近期擔心的是運價。從15日開始，一集裝箱運價從200美元翻倍到400美元。地震發生后，日本關閉了仙臺港等幾個中小佰口，東京、橫濱、神戶、大阪等大型港口處于正常運營或者恢復正常運營中；福島核電站發生核泄漏后，東京與橫濱的電力供應不正常，港口作業能力很差，導致很多貨船和貨物堆積在港口無法返回，影響正常的發貨。

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由于日本震區港口比較混亂，當前部分出口企業的貨只能發向大阪和名古屋，但這兩個港口出現了貨船積壓，甚至出現無法卸貨的現象。日本核輻射危害級別已調升到了最高，部分航運公司已不愿意再接赴日的訂單，這也在一定程度上增加了船運的緊張程度。而日本柴油供應緊張導致其國內的物流也極不順暢。業界表示，日本港口的混亂短期內難解決。以上種種，令出口企業擔心增加運輸成本。