審計署報告披露，2007年至2009年間，中遠集團在已知京華高爾夫球場項目用地是采取以租代征方式取得的情況下，投入11021.8萬元收購并改建高爾夫球場，每年經營虧損約700萬元。 
報告還稱，審計指出上述問題后，中遠集團采取措施，加大市場開發力度，努力減虧，并確定擇機退出的方案。 
此外，2007年至2010年7月，中遠集團本部和所屬企業使用虛假發票分別套取資金97.9萬元和1689.18萬元，用于發放職工獎金、補貼。 
2002年至2009年，中遠集團所屬2家企業未經資產評估，處置廢舊船舶資產，涉及資產凈值95940.76萬元。 
以下是審計發現的主要問題及整改情況： 
（一）會計核算和財務管理存在的問題。 
1. 2007年至2009年，中遠集團及所屬7家企業因未按會計準則規定確認收入和成本費用、計提資產減值準備等，導致少計收入81477.62萬元、少計支出89520.74萬元，其中2009年度少計利潤1777.02萬元。 
審計指出上述問題后，上述企業已調整會計賬目和報表。 
2. 2001年至2009年，所屬廣州遠洋運輸公司（簡稱廣州遠洋）等2家企業未嚴格執行審計決定、繼續設置賬外賬，未將以工會名義創辦的三產公司納入資產管理和合并報表，合計造成2009年度少計資產27300.65萬元，少計負債474.98萬元，少計所有者權益2404.67萬元。 
審計指出上述問題后，上述2家企業將上述賬外賬納入法定賬冊核算，并根據最終清理結果追究有關人員責任。 
3. 2004年至2009年，中遠集團所屬4家企業因少計營業收入、未按規定做納稅調整和未及時申報等，造成少繳稅款45259.47萬元。 
審計指出上述問題后，上述企業已補繳稅款39121.46萬元，余款待稅務部門審核后補繳。 
4. 2007年至2009年，所屬大連遠洋運輸公司（簡稱大連遠洋）將流動資金貸款107000萬元用于酒店建設。 
審計指出上述問題后，大連遠洋已歸還上述貸款。 
（二）建設項目管理存在的問題。 
1. 2007年至2009年，中遠集團在已知京華高爾夫球場項目用地是采取以租代征方式取得的情況下，投入11021.8萬元收購并改建高爾夫球場，每年經營虧損約700萬元。 
審計指出上述問題后，中遠集團采取措施，加大市場開發力度，努力減虧，并確定擇機退出的方案。 
2. 2007年至2009年，所屬大連遠洋等2家企業在購買辦公樓、土地等2項重大投資和進行6個建設項目中，存在違反投資決策程序、未履行完必要的核準程序即先行實施的問題。 
審計指出上述問題后，上述企業已補辦手續、獲得核準，并修訂和制定相關規章制度，強化投資管理。 
（三）職工薪酬管理存在的問題。 
1. 至2007年底，中遠集團所屬企業均未按規定清理完實施企業年金前建立的補充養老保險88255.15萬元，且截至審計時仍未清理完畢。 
審計指出上述問題后，中遠集團積極整改，已清理退保資金57054.70萬元，移交給企業年金基金管理，并制定了《中遠集團原企業補充養老保險清理、移交辦法》等相關規章制度。 
2. 2007年至2010年7月，中遠集團本部和所屬企業使用虛假發票分別套取資金97.9萬元和1689.18萬元，用于發放職工獎金、補貼。 
審計指出上述問題后，相關企業調整了相關會計賬目、補繳個人所得稅，并追究有關人員責任。
3. 2003年至2010年1月，所屬廣州遠洋等2家企業違規使用福利費和工會經費1276.93萬元，其中的1037.06萬元用于發放職工獎金、補貼。 
審計指出上述問題后，上述2家企業調整了有關會計賬目并補繳個人所得稅。 
（四）內部管理存在的問題。 
1．至2009年底，中遠集團所屬企業法律層級多達11級，五級及以下子公司多達763家，占66.8%，總部對這些企業難以實施有效控制。 
審計指出上述問題后，中遠集團已通過法律架構調整，將法律層級縮短為9級，并繼續推進精簡管理鏈條工作。 
2．2002年至2009年，中遠集團所屬2家企業未經資產評估，處置廢舊船舶資產，涉及資產凈值95940.76萬元。 
審計指出上述問題后，中遠集團要求2家企業按規定開展資產評估，并著手建立船舶貿易統一平臺。
3．中遠集團“三重一大”事項的標準不夠明確，重大投資項目未規定明確的金額標準，重大工程項目招投標及部分大額物資采購工作由各單位自行決策，執行中難以把握；散貨運輸由所屬3家企業分散經營，自相競爭，難以實現協同效應。 
審計指出上述問題后，中遠集團已修訂“三重一大”決策實施辦法，細化了制度標準，并組織整合散貨業務板塊。 
（五）所屬單位信息系統存在的問題。  
中遠集團所屬單位集裝箱管理信息系統建設缺乏統一規劃，修理系統的報價信息和審批權限設置存在漏洞，系統間銜接控制機制不健全，存在安全隱患。 
審計指出上述問題后，該公司調整了系統設置，完善了系統流程，消除了隱患。 
此外，審計還發現中遠集團所屬單位以前年度存在的問題：所屬廣州遠洋挪用住房維修基金5171.17萬元用于生產經營周轉，公司部分領導班子成員違規在兼任董(監)事的下屬公司領取薪酬1375.51萬元等。 
審計指出上述問題后，廣州遠洋按規定將挪用的住房維修資金逐步歸還并專戶存儲、�？顚Ｓ�，已全部收回領導班子成員多領取的兼職薪酬，并依紀追究有關人員責任。