“十二五”時期，重慶將針對影響水運發(fā)展的短板問題，在發(fā)展方式上努力實現(xiàn)兩個轉(zhuǎn)變：一是實現(xiàn)傳統(tǒng)運輸業(yè)向現(xiàn)代綜合物流服務(wù)業(yè)轉(zhuǎn)變；二是實現(xiàn)由數(shù)量增長型發(fā)展模式向質(zhì)量效益型模式的轉(zhuǎn)變。在發(fā)展方向上突出三個重點:一是注重基礎(chǔ)設(shè)施和運輸工具的結(jié)構(gòu)調(diào)整；二是注重服務(wù)體系和港航企業(yè)的提檔升級；三是注重航運安全和運輸能力的增強。在保障措施上：加大水運發(fā)展專項資金的投入，全市計劃投資200億元加快推進(jìn)航運中心建設(shè)；實行土地、稅收等優(yōu)惠政策，為內(nèi)河水運發(fā)展提供政策支撐。  　　“十二五”發(fā)展目標(biāo)是：到2015年，重慶高等級航道里程達(dá)到1636公里，港口貨物通過能力達(dá)到1.8億噸、集裝箱達(dá)到500萬標(biāo)箱，5000噸級船舶成為主力船型，航運服務(wù)體系功能基本完善，周邊地區(qū)經(jīng)重慶港中轉(zhuǎn)貨物達(dá)到50%以上，基本建成長江上游航運中心。 
　　重點工作在于： 
　　調(diào)整優(yōu)化基礎(chǔ)設(shè)施結(jié)構(gòu)。采取整治、渠化等措施，使長江、嘉陵江、烏江達(dá)到三級（含三級）以上航道標(biāo)準(zhǔn)，支流對長江干流貨運量貢獻(xiàn)率達(dá)到30%以上。按照“港口、物流和產(chǎn)業(yè)”三結(jié)合原則，加快建設(shè)主城果園、萬州新田等9個樞紐型港口。 
　　提檔升級運輸船舶。到2015年，全市船型標(biāo)準(zhǔn)化率達(dá)到75%，傳統(tǒng)內(nèi)河水上客運向現(xiàn)代化高品質(zhì)旅游客運轉(zhuǎn)型，形成長江中上游規(guī)模最大的現(xiàn)代化船隊。 
　　完善服務(wù)體系功能。以重慶航運交易所為依托，推進(jìn)內(nèi)河航運與保稅港區(qū)、保稅區(qū)、物流園區(qū)和臨港工業(yè)園區(qū)的有效對接和聯(lián)動發(fā)展，健全長江上游航運中心服務(wù)體系。吸引國內(nèi)外大型航運企業(yè)、金融機構(gòu)的區(qū)域總部注冊重慶，發(fā)展航運總部經(jīng)濟。 
　　提升應(yīng)急保障能力。完善三峽庫區(qū)重要支流航道支持保障系統(tǒng)，在重點港口、旅游客運發(fā)達(dá)地區(qū)建設(shè)水上服務(wù)區(qū)。推進(jìn)巡航、監(jiān)管、搜救一體化，建設(shè)區(qū)域性水上應(yīng)急救援基地、船舶洗艙基地、船舶自動識別等監(jiān)控系統(tǒng)。 
　　鞏固拓展輻射范圍。依托重慶高速公路網(wǎng)、鐵路網(wǎng)和航空樞紐港，優(yōu)化綜合集疏運體系，實現(xiàn)樞紐型港口物流園區(qū)鐵路進(jìn)港，完善多式聯(lián)運、江海聯(lián)運、干支直達(dá)、水水中轉(zhuǎn)的運輸服務(wù)網(wǎng)絡(luò)，形成直達(dá)和中轉(zhuǎn)互補協(xié)調(diào)發(fā)展的格局。