隨著南沙新區進入新的發展軌道，將著重構建一個與城市定位相匹配的“樞紐引領、通道快捷、網絡完善、系統協調、品質優越”的綜合交通系統。南沙將建南沙樞紐和慶盛樞紐兩大樞紐中心，來構建南沙新區綜合交通體系的核心節點。而龍穴島深水港規劃陸域面積54平方公里，建設87個萬噸及以上的遠洋和江海聯運泊位，港區將依托發達的江、海水運系統、完善的高快速路系統和強大的疏港鐵路，建設成為華南地區的樞紐港，珠三角航運資源整合中心，能源、原材料、商品的中轉、交換基地。